"Distribution des plis protéiques dans l'arbre de vie".

Résumé :

Pour reconstruire l'arbre de vie, les séquences de protéines et d'ADN ont été utilisées pendant longtemps, mais un niveau d'organisation structurelle tridimensionnelle des protéines a été négligé, celui des plis. Les plis sont définis comme l'architecture et la topologie des structures secondaires. 1 232 d'entre eux ont été caractérisés. Nous avons cartographié les plis sur un arbre de vie et mesuré la cohérence de chaque pli en tant que personnage de cet arbre. Il en résulte que 20 % des plis sont présents dans tous les super-royaumes et que 53,9 % sont des synapomorphies potentielles. Les caractères des plis soutiennent de manière cohérente plusieurs clades eucaryotes imbriqués dont les temps de divergence s'étendent de 1 100 mya à 380 mya. Comme pour les branches les plus anciennes de l'arbre de la vie, les trois super-royaumes sont différenciés par des plis spécifiques aux eucaryotes (181) ainsi que par des plis partagés entre les eucaryotes et l'un des deux autres super-royaumes. De nombreux plis partagés par des parties des eucaryotes et de certaines eubactéries devraient résulter de transferts horizontaux antérieurs (par exemple, des cyanobactéries vers des eucaryotes photosynthétiques) ayant donné lieu à un flux important de plis vers les eucaryotes. Parmi les eucaryotes, certains plis apparaissent donc comme des synapomorphies de la phylogénie des espèces, tandis que d'autres sont des marqueurs de transferts vers les eucaryotes.

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https://inrae-fr.zoom.us/j/5785660130?omn=92179007952