Les équipes de l'Institut Sophia Agrobiotech

Bacillus, Environnement et Santé
Responsable : Raphaël ROUSSET

L'équipe s'intéresse aux mécanismes de défense d'un organisme contre les agresseurs environnementaux et aux conséquences physiopathologiques lorsque ces mécanismes échouent. En nous concentrant sur les interactions hôte-pathogène, nous étudions la physiologie de l'intestin et les fonctions des cellules souches intestinales dans le maintien de l'homéostasie cellulaire et de l'immunité innée. Nos modèles biologiques sont Drosophila melanogaster et les bactéries du groupe Bacillus cereus, avec un intérêt particulier pour Bacillus thuringiensis qui est utilisé comme insecticide microbien en agriculture.

Jade FINKELSTEIN
Armel GALLET
Claire GUILLEBON
 

Biologie des Populations Introduites
Responsable: Elodie VERCKEN

Le laboratoire étudie les conditions d'installation et l'évolution des populations d'insectes introduites. Nos modèles biologiques sont des ravageurs invasifs et des espèces utilisées en lutte biologique. Nos recherches sur les introductions, les expansions démographiques et géographiques subséquentes, et les phénomènes évolutifs associés, sont basées sur l'écologie et la biologie évolutive. Nous combinons l'écologie comportementale, la génétique des populations et la dynamique des populations.

Alexandra AUGUSTE
Aurélie BLIN
Didier CROCHARD
Emeline DELEURY

Chronologie du développement, Environnement et Comportements
Responsable: Nuria ROMERO

Nous cherchons à comprendre comment l'environnement interagit avec les gènes pour déterminer la transition du développement juvénile au développement adulte (JDT) et les comportements qui y sont associés. La transition du développement juvénile au développement adulte (métamorphose/puberté) détermine la capacité de reproduction d'une espèce donnée. Il est donc essentiel de découvrir le mécanisme de cette transition développementale pour améliorer l'efficacité de la lutte contre les ravageurs, mais aussi, dans le cas de l'homme, pour lutter contre les conséquences néfastes pour la santé d'une puberté précoce.

Raphaël BONCHE

EQA

L’équipe d’appui rend un service de proximité aux équipes de recherche et à l'infrastructure PlantBIOs de l’unité ISA. Constituée de 14 personnes et placée sous la responsabilité de l’administratrice.

Stephen AMBROGIO
Catherine AUGUET-CHADAJ
Séverine BEURTEY
Nathalie BOSSELUT-BENOIT

GAME

L'équipe GAME s'intéresse aux mécanismes de plasticité génomique en lien avec : (1) - l'évolution des espèces à un mode de vie parasite ou pathogène et (2) - l'adaptation contemporaine des ces mêmes espèces à des changements environnementaux, y compris aux méthodes de luttes déployées contre elles.Pour ce faire, les scientifiques de l'équipe utilisent des approches de bioinformatique, de biostatistique et d'intelligence artificielle.

Marc BAILLY-BECHET
Carole BELLIARDO
Dominique COLINET

IPIE

Interactions Plante-Insecte-Environnement
Responsable: Gaëlle LE GOFF

La régulation des populations d'insectes, qu'il s'agisse de ravageurs phytophages, de parasites ou de vecteurs de maladies, nécessite une connaissance approfondie des mécanismes par lesquels ils répondent aux agressions tant chimiques que biologiques. Ces stress qui impactent la fitness des insectes doivent être considérés d'un même ordre, plutôt qu'au travers de catégories de type "pathogènes" ou "xénobiotiques". Notre objectif global est l'étude des bases fonctionnelles des mécanismes de défense des insectes et de leur évolution, grâce à l'exploitation des ressources génomiques.

Christine COUSTAU
Janice DE ALMEIDA-ENGLER
Ariane FAZARI
Thierry FRICAUX

Frédérique HILLIOU
Gaëlle LE GOFF
Killian MENUET

IPN

L’objectif global de l’équipe, à travers divers niveaux d’études allant du gène au champ, est d’acquérir les bases scientifiques qui permettront de mieux comprendre l’interaction entre la plante et le nématode afin d’envisager de nouvelles méthodes de lutte, spécifiques, durables et respectueuses de l’environnement. Les recherches développées concernent les deux partenaires de l’interaction, à savoir : la plante avec l’étude du développement de la maladie (sensibilité) ou de la mise en place d’une résistance et le parasite avec l’analyse du pouvoir pathogène et de sa capacité d’évolution.

Pierre ABAD
Claire CARAVEL
Philippe CASTAGNONE
Caroline DJIAN-CAPORALINO
Ange DUSSUTOUR
Bruno FAVERY
Pauline FOUBERT

Tristan FREMAUX
Stéphanie JAUBERT
Ulysse JULIEN-PORTIER
Haru KIRINO
Piao LEI
Sophie MANTELIN

IPO

L'équipe étudie les mécanismes qui régissent les interactions entre les plantes et les microorganismes phytopathogènes afin de contribuer à la mise en place de nouveaux itinéraires phytosanitaires. Les recherches, principalement développées sur les interactions entre les plantes et les oomycètes*, visent d'une part à identifier les évènements qui régissent, chez l’agent pathogène, la mise en place et le déroulement de l’infection ainsi que les processus adaptatifs associés, et d'autre part à caractériser les réponses végétales qui conduisent au succès (sensibilité) ou à l’échec de l’infection (résistance). Ces recherches sont conduites à travers une approche pluridisciplinaire, incluant biologie cellulaire, génomique évolutive et fonctionnelle, et biochimie.

Valerie ALLASIA
Agnès ATTARD
Aurélien BOISSON DERNIER
Alexandre BRUNET
Catherine ETIENNE
Eric GALIANA

Multitrophic Interactions and Biocontrol
Responsables: Nicolas DESNEUX et Jean-Luc GATTI 

L’équipe « Interactions Multitrophiques & Biocontrôle (MIB) » produit des connaissances fondamentales et appliquées sur les interactions multi-trophiques incluant l’écologie et la physiologie des insectes ravageurs, de leurs auxiliaires de lutte et l’effet des symbiotes hébergés, ainsi que l’impact des méthodes de luttes et des conditions biotiques et abiotiques sur les interactions hôte-agresseurs. Pour cela, l’équipe utilise différents types d’approches, de l’échelle population (champs, microcosmes) à la mise en place d’évolution expérimentales au laboratoire, combinées à des approches multiomiques, de biologie moléculaire et cellulaire, de toxicologie, d’analyse du comportement, etc. Notre démarche est de comprendre les mécanismes fondamentaux mis en jeu dans les différents niveaux d'interactions afin d’optimiser et d’accroître la durabilité des programmes de lutte intégrée contre les ravageurs (IPM). Le but étant le développement d’approches multiniveaux de biocontrôle innovantes et durables qui serviront de bases pour l’agroécologie de demain.

Marcel AMICHOT
Laury ARTHAUD
Philippe BEAREZ
Dominique CAZES

Nicolas DESNEUX
Isabelle DEYDIER
Jean-Luc GATTI
Anne-Violette LAVOIR
Severine LEMAUF

Cliven NJEKETE
Marylene POIRIE
Marina ROSENTHAL-PEREIRA-LIMA
Zoe ROUSSET
Sophie TARES

M2P2

L'équipe vise à rendre la protection des plantes plus respectueuse de l'environnement via le développement de stratégies novatrices de lutte écologique contre les ravageurs et maladies des cultures. À cette fin, l'équipe développe un programme de recherche interdisciplinaire basé sur l'utilisation concertée de modèles théoriques et expérimentaux pour aborder des questions spécifiques de protection des plantes, du niveau individuel jusqu'aux populations et aux agroécosystèmes.

Valentina BALDAZZI
Cécile BRESCH-BARRAYA
Vincent CALCAGNO
Mélina COINTE

RDLB

La thématique de l’équipe est la conduite de projets de lutte biologique contre des insectes bioagresseurs émergents ou récurrents avec une visée de sortie opérationnelle. Les stratégies de lutte biologique par acclimatation ou par lâchers impliquant des insectes parasitoïdes ou prédateurs sont privilégiées.

Nicolas BOROWIEC
Alexandre BOUT
Quentin BOUVARD
Inessa BUCH
Xavier FAUVERGUE
Elodie GARNIER

Mélanie HUGUET
Thibaut MALAUSA
Nicolas RIS
Madalina VICIRIUC
Sylvie WAROT
Gabriel ZIZZO

IRL

Interactions Rhizobia-Légumineuses
Responsable: Alexandre BOSCARI

L’équipe cherche à acquérir des connaissances sur les symbioses plante/bactérie fixatrices d’azote (Légumineuses/Rhizobium) en étudiant plus particulièrement le rôle de l’état d’oxydoréduction de la cellule dans la mise en place et le fonctionnement de la symbiose.

Geneviève ALLOING
Goodluck BENJAMIN
Eric BONCOMPAGNI
Alexandre BOSCARI
Marc BOSSENO
Renaud BROUQUISSE

Systems Biology for Plants Health 
Responsable: Silvia BOTTINI

L'équipe SMILE se concentre sur l'étude des mécanismes de reprogrammation moléculaire chez les plantes lors de l'interaction avec des agents biotiques en utilisant des modèles de biologie des systèmes allant de l'intelligence artificielle à l'inférence de réseaux. Pour répondre à cette question, puisque les mécanismes de défense des plantes activés par les agents biotiques impliquent différentes réponses moléculaires, l'équipe développe des approches d'intégration multi-omique pour approfondir notre compréhension de ces réseaux de signalisation complexes.

Sylvia BOTTINI  

Giulia CALIA 

Justine LABORY 
Maxime MULTARI