Membres

Dr. Danchin Etienne

Responsable équipe GAME (Génomique et Évolution Moléculaire Adaptative) Référent scientifique du plateau de bioinformatique.

etienne.danchin@inrae.fr

Dr. Bailly-Bechet Marc

Enseignant-chercheur à l'interface entre biostatistiques, bioinformatique, génomique et évolution.

marc.bailly-bechet@inrae.fr

Dr. Colinet Dominique

Innovation génétique et fonctionnelle en relation avec l'adaptation au parasitisme

dominique.colinet@inrae.fr

Dr. Robbe-Sermesant Karine

Enseignant-chercheur en génomique et bioinformatique. Structure et expression des génomes.

karine.robbe-sermesant@inrae.fr

Dr. Van Ghelder Cyril

Ingénieur en biologie moléculaire et analyse de séquences Parcours Titulaire d’une Maîtrise en ingénierie de l’environnement et d’un Master 2 en génétique, immunité et développement de l’Université Côte d’azur, j’ai obtenu un doctorat en interactions cellulaires et moléculaires dans cette même Université. Mon sujet de thèse traitait de l’étude d’une famille de gène (NLR), acteurs majeurs de l’immunité végétale vis-à-vis des bioagresseurs des cultures. Cette étude couvrant des volets moléculaires et évolutifs, prenait comme point de départ la caractérisation d’un gène majeur de résistance aux nématodes à galles, fléau pour l’agriculture mondiale. Après avoir travaillé dans un cabinet conseil sur le montage des projets européens du 6ème PCRDT, j’ai été recruté en 2005 à l’INRA dans l’équipe interaction plantes nématodes de l’Institut Sophia Agrobiotech. Au sein de cette équipe j’ai travaillé à la fois sur la caractérisation des nématodes parasites de plantes mais aussi sur la recherche des sources de résistances végétales pouvant être déployées, via la création de porte-greffes innovants, pour contrôler ces graves parasites des cultures. Entre 2012 et 2014, j’ai été détaché auprès du ‘Science and Advice for Scottish Agriculture’ (S.A.S.A., Edimbourg UK), pour développer des marqueurs moléculaires de détection de nématodes phytoparasites vecteurs de virus. Entre 2017 et 2019, j’ai conduit une étude concernant les récepteurs immunitaires de type NLR chez les conifères, réalisée en partie au département des sciences végétales de l’Université d’Oxford (UK). Depuis 2026, j’ai rejoint l'équipe GAME : Génomique et Évolution Moléculaire Adaptative afin de renforcer les aspects expérimentaux l’équipe et les recherches génomiques multi-organismes. Expertise Mon expertise expérimentale s’articule autour de : o La biologie moléculaire : préparation et caractérisation des échantillons pour le séquençage (DNA, cDNA, RNA, HMW DNA, single cell…), le génotypage et la génération de marqueurs moléculaires de différents types (microsatellites, mitochondriaux, ribosomiques…), transfert, clonages (classique, Gateway, golden gate), transformation de plantes, … o La nématologie en termes de production, d’identification moléculaire et de taxonomie o Des plantes en termes de production et d’essais (culture in vitro, en milieu contrôlé et au champ) d’identification et de taxonomie avec un focus sur les plantes ligneuses. Mon expertise in silico est dédiée à l’annotation fonctionnelle des génomes, la phylogénie et l’analyse des familles multigéniques avec un focus particulier sur les gènes impliqués dans la réponse immunitaire des plantes Thématiques o La génomique des nématodes o La génomique et cartographie génétique de plantes o L’immunité des plantes, évolution et mécanistique Publications 1. Truch J., Jaouannet M., Da Rocha M., Kulhanek-Fontanille E., Van Ghelder C., Rancurel C., Migliore, Arthur Péré A., Jaubert S., Coustau C., Galiana E., Favery B. Transcriptional responses of Solanum lycopersicum to three distinct parasites reveal host hubs and networks underlying parasitic successes. bioRxiv 2026.01.22.701158; doi: https://doi.org/10.64898/2026.01.22.701158 2. Truch J., Robbe-Sermesant K., Péré A., Colinet D., Rancurel C, Drula E., Da Rocha M., Perfus-Barbeoch L., Seçkin E., Julien-Portier U., Lopez-Roques C., Iampietro C., Sayeh A., Gislard M., Boyer R., Luvisutto L., Esmenjaud D., Danchin E.G.J., Van Ghelder C. Chromosome-scale genome assembly of Xiphinema index uncovers an unparalleled epigenetic toolkit in invertebrates. bioRxiv 2025.12.19.695367; doi: https://doi.org/10.64898/2025.12.19.695367 3. Duval H., Heurtevin L., Dlalah N., Caravel C., Callot C., Van Ghelder C. Identification and expression of the peach TNL RMia genes for the resistance to the root-knot nematode Meloidogyne incognita. Scientia Horticulturae. 2025. (343). https://doi.org/10.1016/.scienta.2025.114081 4. Woudstra Y, Tumas H, van Ghelder C, Hung TH, Ilska JJ, Girardi S, A'Hara S, McLean P, Cottrell J, Bohlmann J, Bousquet J, Birol I, Woolliams JA, MacKay JJ. Conifers Concentrate Large Numbers of NLR Immune Receptor Genes on One Chromosome. Genome Biol Evol. 2024 Jun 4;16(6):evae113. doi: 10.1093/gbe/evae113. 5. Bovio E, Rancurel C, Seassau A, Magliano M, Gislard M, Loisier A, Kuchly C, Ponchet M, Danchin EGJ, Van Ghelder C. Genome sequence and annotation of Periconia digitata a hopeful biocontrol agent of phytopathogenic oomycetes. Sci Data. 2023 Sep 6;10(1):583. doi: 10.1038/s41597-023-02440-4. 6. Esmenjaud D., Banora M.Y., Julien-Portier U., Lafargue M.D.D., Tandonnet J.P., Rubio B., Walker A., Van Ghelder C., Ollat N. A muscadine locus confers resistance to predominant species of grapevine root-knot nematodes (Meloidogyne spp.) including virulent populations. OENO One. 2023. (57)3. https://doi.org/10.20870/oeno-one.2023.57.3.7443 7. Banora M.Y., Voisin R., Nguyen V.C., Portier U., Bernabo C., Van Ghelder C., Lafargue M.D.D., Tandonnet J.P., Demangeat G., Ollat N., Esmenjaud D. Xiphinema index-resistant grapevine materials derived from muscadine are also resistant to a population of X. diversicaudatum. OENO One. 2022. 56(4), 55–63. Doi 10.20870/oeno-one.2022.56.4.5489 8. Nguyen VC, Khallouk S, Polidori J, Truch J, Portier U, Lafargue M, Tandonnet JP, Ollat N, Van Ghelder C, Banora MY, Esmenjaud D. Evidence of Sexual Reproduction Events in the Dagger Nematode Xiphinema index in Grapevine Resistance Experiments Under Controlled Conditions. Plant Dis. 2021 Sep;105(9):2664-2669. doi: 10.1094/PDIS-06-20-1409-RE. 9. Saucet SB, Esmenjaud D, Van Ghelder C. Integrity of the Post-LRR Domain Is Required for TIR-NB-LRR Function. Mol Plant Microbe Interact. 2021 Mar;34(3):286-296. doi: 10.1094/MPMI-06-20-0156-R. 10. Rubio B, Lalanne-Tisné G, Voisin R, Tandonnet JP, Portier U, Van Ghelder C, Lafargue M, Petit JP, Donnart M, Joubard B, Bert PF, Papura D, Le Cunff L, Ollat N, Esmenjaud D. Characterization of genetic determinants of the resistance to phylloxera, Daktulosphaira vitifoliae, and the dagger nematode Xiphinema index from muscadine background. BMC Plant Biol. 2020 May 12;20(1):213. doi: 10.1186/s12870-020-2310-0. 11. Nguyen VC, Tandonnet JP, Khallouk S, Van Ghelder C, Portier U, Lafargue M, Banora MY, Ollat N, Esmenjaud D. Grapevine Resistance to the Nematode Xiphinema index Is Durable in Muscadine-Derived Plants Obtained from Hardwood Cuttings but Not from In Vitro. Phytopathology. 2020 Sep;110(9):1565-1571. doi: 10.1094/PHYTO-01-20-0008-R. 12. Van Ghelder C, Parent GJ, Rigault P, Prunier J, Giguère I, Caron S, Stival Sena J, Deslauriers A, Bousquet J, Esmenjaud D, MacKay J. The large repertoire of conifer NLR resistance genes includes drought responsive and highly diversified RNLs. Sci Rep. 2019 Aug 12;9(1):11614. doi: 10.1038/s41598-019-47950-7. 13. Nguyen VC, Villate L, Gutierrez-Gutierrez C, Castillo P, Van Ghelder C, Plantard O, Esmenjaud D. Phylogeography of the soil-borne vector nematode Xiphinema index highly suggests Eastern origin and dissemination with domesticated grapevine. Sci Rep. 2019 May 13;9(1):7313. doi: 10.1038/s41598-019-43812-4. 14. Duval H, Van Ghelder C, Portier U, Confolent C, Meza P, Esmenjaud D. New Data Completing the Spectrum of the Ma, RMia, and RMja Genes for Resistance to Root-Knot Nematodes (Meloidogyne spp.) in Prunus. Phytopathology. 2019 Apr;109(4):615-622. doi: 10.1094/PHYTO-05-18-0173-R. Epub 2019 Feb 25. PMID: 30256187. 15. Van Ghelder (2019) The Ma resistance locus to root-knot nematodes in Prunus: Structural originality and evolution within the NBS-LRR gene family in plants. Thesis. https://www.theses.fr/2019AZUR6006 16. Van Ghelder C, Esmenjaud D, Callot C, Dubois E, Mazier M, Duval H. Ma Orthologous Genes in Prunus spp. Shed Light on a Noteworthy NBS-LRR Cluster Conferring Differential Resistance to Root-Knot Nematodes. Front Plant Sci. 2018 Sep 11;9:1269. doi: 10.3389/fpls.2018.01269. 17. Van Ghelder C, Esmenjaud D. TNL genes in peach: insights into the post-LRR domain. 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Development of a real-time PCR method for the detection of the dagger nematodes Xiphinema index, X. diversicaudatum, X. vuittenezi and X. italiae, and for the quantification of X. index numbers. Plant Pathol, 2015. 64: 489-500. https://doi.org/10.1111/ppa.12269. 22. Duval H., Hoerter M., Polidori J., Confolent C., Masse M., Moretti A., Van Ghelder C., Esmenjaud D. High-resolution mapping of the RMia gene for resistance to root-knot nematodes in peach. Tree Genetics & Genomes. 2014. (10) 297–306. Doi :10.1007/s11295-013-0683-z 23. Khallouk S, Voisin R, Portier U, Polidori J, Van Ghelder C, Esmenjaud D. Multiyear evaluation of the durability of the resistance conferred by Ma and RMia genes to Meloidogyne incognita in Prunus under controlled conditions. Phytopathology. 2013 Aug;103(8):833-40. doi: 10.1094/PHYTO-09-12-0228-R. 24. Claverie M, Dirlewanger E, Bosselut N, Van Ghelder C, Voisin R, Kleinhentz M, Lafargue B, Abad P, Rosso MN, Chalhoub B, Esmenjaud D. The Ma gene for complete-spectrum resistance to Meloidogyne species in Prunus is a TNL with a huge repeated C-terminal post-LRR region. Plant Physiol. 2011 Jun;156(2):779-92. doi: 10.1104/pp.111.176230. 25. Khallouk S, Voisin R, Van Ghelder C, Engler G, Amiri S, Esmenjaud D. Histological mechanisms of the resistance conferred by the Ma gene against Meloidogyne incognita in Prunus spp. Phytopathology. 2011 Aug;101(8):945-51. doi: 10.1094/PHYTO-01-11-0004. PMID: 21446787. 26. Bosselut N, Van Ghelder C, Claverie M, Voisin R, Onesto JP, Rosso MN, Esmenjaud D. Agrobacterium rhizogenes-mediated transformation of Prunus as an alternative for gene functional analysis in hairy-roots and composite plants. Plant Cell Rep. 2011 Jul;30(7):1313-26. doi: 10.1007/s00299-011-1043-9. 27. Demangeat G, Komar V, Van Ghelder C, Voisin R, Lemaire O, Esmenjaud D, Fuchs M. Transmission competency of single-female Xiphinema index lines for Grapevine fanleaf virus. Phytopathology. 2010 Apr;100(4):384-9. doi: 10.1094/PHYTO-100-4-0384. 28. Van Ghelder, C., Lafargue, B., Dirlewanger, E., Ouassa, A., Voisin, R., Polidori, J., Kleinhentz, M., Esmenjaud, D. Characterization of the RMja gene for resistance to root-knot nematodes in almond: spectrum, location, and interest for Prunus breeding. Tree Genet. Genomes 2010. 6, 503–511. doi: 10.1007/s11295-010-0268-z 29. Esmenjaud D., Voisin R., Van Ghelder C., Bosselut N., Lafargue B., Di Vito M., Dirlewanger E., Poëssel J. L., Kleinhentz M. Genetic dissection of resistance to root-knot nematodes Meloidogyne spp. in plum, peach, almond and apricot, from various segregating interspecific Prunus progenies. Tree Genetics & Genomes. 2009. (5) 279-289. doi :10.1007/s11295-008-0173-x. 30. Esmenjaud D., Van Ghelder C., Voisin R., Bordenave L., Decroocq S., Bouquet A., Ollat N. Host suitability of Vitis and Vitis-Muscadinia material to the nematode Xiphinema index over one to four years. Am J Enol Vitic. 2010 61: 96-101 ; DOI: 10.5344/ajev.2010.61.1.96 31. Abad P, Gouzy J, Aury JM, Castagnone-Sereno P, Danchin EG, Deleury E, Perfus-Barbeoch L, Anthouard V, Artiguenave F, Blok VC, Caillaud MC, Coutinho PM, Dasilva C, De Luca F, Deau F, Esquibet M, Flutre T, Goldstone JV, Hamamouch N, Hewezi T, Jaillon O, Jubin C, Leonetti P, Magliano M, Maier TR, Markov GV, McVeigh P, Pesole G, Poulain J, Robinson-Rechavi M, Sallet E, Ségurens B, Steinbach D, Tytgat T, Ugarte E, van Ghelder C, Veronico P, Baum TJ, Blaxter M, Bleve-Zacheo T, Davis EL, Ewbank JJ, Favery B, Grenier E, Henrissat B, Jones JT, Laudet V, Maule AG, Quesneville H, Rosso MN, Schiex T, Smant G, Weissenbach J, Wincker P. Genome sequence of the metazoan plant-parasitic nematode Meloidogyne incognita. Nat Biotechnol. 2008 Aug;26(8):909-15. doi: 10.1038/nbt.1482.

Seçkin Ercan

Origine, histoire évolutive et structure / fonction des gènes orphelins.

ercan.seckin@inrae.fr

El-Khatib Mariam

Relations génome / phénome au cours de l'histoire évolutive des nématodes à galles.

mariam.el-khatib@inrae.fr