Plateau de biochimie analytique

Le plateau de biochimie analytique de l’institut Sophia Agrobiotech (ISA) dispose  d'un Biacore 3000 et d'un couplage LC-MS/MS. 
Il s’agit d’un outil collectif commun accessible à tout le personnel d’ISA et également ouvert à l’extérieur (académique et secteur privé - cf modalités d’accès). Ce plateau, mis en place en 2010, par l’ancienne UMR IBSV (Interactions Biotiques et Santé Végétale) est géré par Aurélie Séassau aidée par un référent scientifique ( Michel Ponchet).

Equipements

Le BIAcore 3000, acquis en janvier 2008, est un appareil de résonance plasmonique de surface (SPR). Il permet d’étudier les interactions entre au moins 2 molécules, un ligand et un analyte. Ces molécules doivent être de taille supérieure à 200 Da. Typiquement les ligands sont des protéines, des acides nucléiques ou des polysaccharides. Le ligand est immobilisé de manière covalente sur un support appelé « sensorchip ». Si un analyte circulant à proximité du ligand possède une affinité suffisante pour ce dernier, ils s’associeront. Cette association produit un signal quantifiable. L’appareil peut donc mesurer la quantité d’analyte fixé (affinité) ainsi que les vitesses d’association et de dissociation (paramètres cinétiques). Cette interaction est étudiée en temps réel et sans marquage et sa mesure est fonction de la masse des molécules étudiées. Quelques exemples d’applications : interactions anticorps/ antigène, enzyme/substrat, récepteur/effecteur…

Le couplage LC-MS/MS, acquis en février 2010, est composé d’une chaine HPLC ultra haute pression et d’un spectromètre de masse de type ESI-Q-TOF. L’HPLC (nano et micro colonnes) permet de séparer les composants d’un échantillon et de les analyser en temps réel en spectrométrie de masse, ce qui permet d’identifier rapidement les molécules présentes dans l’échantillon. Les molécules peuvent être des protéines, des peptides, des métabolites. Le spectromètre de masse est un instrument d’analyse permettant de mesurer la masse d’une molécule, ainsi que celle de ses fragments générés par collision. On peut alors reconstituer la structure de cette molécule. Quelques exemples d’applications : identification de protéines, séquençage de peptides, identification structurale de petites molécules, détection et dosage d’une molécule connue à partir d’un échantillon complexe.

                                                                             LC-MS/MS                                                                                     
(Ultimate 3000 RSLC - Dionex & MicrOTOF-QII - Bruker)

 BIAcore 3000  (GE Healthcare Life Sciences)

Compétences

Spectrométrie de masse

• Identification de protéines (après digestion) sur Mascot
• Analyse de protéines entières natives ou recombinantes
• Contrôle des protéines natives et recombinantes (détermination masses exactes, qualité, pureté…)
• Modifications post traductionnelles (S-nitrosylation, appariement, glycosylation)
• Criblage des métabolites de xénobiotiques

Résonance Plasmonique de Surface

• Etudes des interactions protéine / protéine (affinité, paramètres cinétique, comparaison)
• Etudes des interactions ADN / protéine
• Couplage SPR/MS (développement en cours)

Mission

• Gestion technique des équipements
• Animation du plateau
• Formation des utilisateurs
• Assistance à l’analyse et à l’interprétation des résultats pour le personnel formé
• Réalisation des analyses et interprétation pour les personnes non formées appartenant ou non à ISA
• Participation aux projets scientifiques
• Développement méthodologique

Accessibilité / fonctionnement / valorisation

• Plateau accessible au personnel d’ISA ainsi qu’aux personnes extérieures (académique, secteur privé)

• Pour toute demande, contacter la responsable du plateau : aurelie.seassau@inrae.fr (étude de faisabilité, validation par le comité de pilotage si nécessaire, proposition de devis)
• Seules les personnes formées par les constructeurs (GE, Bruker) sont autorisées à utiliser de manière autonome les instruments.
• Un espace collaboratif existe avec le plateau de l’IPMC (CNRS, Sophia). Cet espace permet, si besoin, de pouvoir accéder à d’autres technologies de protéomique.
• Tarification : Sur devis tant que la tarification n’a pas été validée (barèmes en cours d’élaboration)

• Lorsque des résultats académiques produits par le plateau sont déterminants, la (les) personne(s) du plateau impliquée(s) dans l'acquisition et l'interprétation de ces résultats seront associées aux publications en participant à la rédaction. A minima, elle(s) sera (seront) citée(s) dans les remerciements.
• De même, les coordonnées du plateau doivent apparaître dans les communications (posters, publications, communication orales) qui utilisent les résultats du plateau analytique.
• Ces critères seront définis au cours des discussions et arbitrés, si nécessaire, par le comité de pilotage.

Réseaux

Le plateau s’inscrit dans différents réseaux :

• le réseau MassProt'INRA qui regroupe les plateaux et plateformes de spectrométrie de masse INRA impliqués dans la protéomique.
• le réseau ProtéoPACA : réseau régional de protéomique. Ce réseau rassemble les acteurs du domaine de la protéomique en PACA. Dans le cadre de ce réseau, le plateau co-organise cette année la 5^ème journée ProtéoPACA (www.proteopaca2012.org)
• le GIS CoReBio PACA : structure de coordination des plateformes technologiques en sciences du vivant en PACA (Site web)

Contacts

• Responsable : Aurélie Séassau - aurelie.seassau@inrae.fr
• Référent scientifique : Georges De Sousa- georges.de-sousa@inrae.fr

Financements

• le couplage LC-MS/MS a été financé sur le CPER SABLES ;
• le Biacore a été financé par l'INRA, le conseil régional PACA et l'université de Nice Sophia Antipolis.