Plateau de bioinformatique et génomique

Le plateau de bioinformatique et génomique (BIG) de l'Institut Sophia Agrobiotech (ISA) a été créé en janvier 2012. Il a pour objectif de mutualiser les moyens et les compétences en bioinformatique de l'ISA afin de prendre en charge et d'optimiser le traitement des données des projets « omiques » de plus en plus nombreux. L'activité du plateau est centrée sur l'analyse de séquences dans le domaine des interactions entre plantes et bio-agresseurs ou symbiontes. Il mutualise ses efforts autour du développement de programmes et d'outils originaux pour répondre au mieux aux besoins des biologistes et aux questions scientifiques posées.

Activités

Conscient de l’importance pour les chercheurs de comprendre et d’appréhender eux mêmes leurs analyses, notre objectif principal est de fournir à tout porteur de projet des résultats sous forme concise et précise, ainsi que les clés et les outils pour les exploiter efficacement.

Dans cet objectif, deux types d’activités sont conjointement menées :
- La mise en oeuvre et le développement d’outils (bio)infomatiques : protocoles d’analyses, pipelines, bases de données spécialisées, ou encore des sites web publics ou interfaces graphiques privées donnant accès à nos méthodes et à nos bases de données.
- La mise en place de formations pour réaliser un accompagnement des scientifiques dans l’analyse de leurs données et l’utilisation  d’outils du domaine ainsi que les outils du plateau.

Ces activités sont mises au service de la donnée moléculaire grâce aux compétences dont dispose le plateau en analyse de données NGS (génomique et transcriptomique), épigénétique, polymorphisme, métagénomique, phylogénétique ainsi qu’en annotation fonctionnelle et génomique comparative.

Prestations

Nous proposons des protocoles et prestations standards qui peuvent être appliqués aux analyses “classiques” :

• pipeline d'analyse de l'expression des gènes (DGE - Differential Gene Expression)
• pipeline d'analyse de polymorphisme (SNP - Single Nucleotide Polymorphism)
• pipeline d'analyse de la variabilité du nombre de copies d'un gène (CNVs - Copy Number Variation)
• pipeline d'identification des small RNAs
• pipeline d' assemblage de petits transcriptomes

En complément, nous proposons également des prestations et développements sur des projets plus exploratoires.
N’hésitez pas à nous contacter et nous exposer votre projet.

Ressources applicatives et Portail espèces mis à disposition

Outils bioinformatiques

• Alienness, Rapid Detection of Candidate Horizontal Gene Transfers across the Tree of Life, est un outil de détection de potentiels transferts horizontaux au sein d'un organisme d'intérêt.

• SATqPCR, Statistical Analysis Tool for quantitative Real-time PCR Data, est un outil d'analyse statistique pour la PCR quantitative.

Portail Meloidogyne genome resources

• Meloidogyne genome resources est un système d'information de référence fournissant un génome pour l'étude des nématodes.

Formations et Accueil de visiteurs et stagiaires

Accueil de visiteurs et de stagiaires

Chaque année, nous accueillons des étudiants de divers horizons. Nous les accompagnons en tant qu’ encadrant ou co-encadrant en bioinformatique (#) et/ou en leur offrant un accés et un accompagnement de l'infrastructure de calcul locale. Nous accueillons également des visiteurs lors de projets collaboratifs.
Consultez les sujets de stages.

Formations

• Informatique

Initiation au langage de programmation PERL (3 jours)
Initiation à la ligne de commandes en environnement linux (1 jour)

• Bioinformatique

Session: Data analysis: genomes and transcriptomes
Session: Functional annotation and analysis of polymorphism
Session: Metagenomics, epigenetics and visualization      
Session: Analysis and integration of gene expression and regulation data

Réseaux

Les membres du plateau font partie du CATI-BARIC (Centre Automatisé de Traitement de l'Information - BioInformatique pour l'Analyse, la Représentation et Intégration de Connaissances, https://www.cesgo.org/catibaric/). Ce CATI créé et homologué par INRAE en 2018 a pour mission d'offrir un service pour le traitement et l'analyse de données biologiques. Les CATI sont un moyen de structurer la bioinformatique au sein de INRAE et de permettre, notamment, à des personnes travaillant sur les mêmes problématiques de travailler ensemble ou au moins de partager leurs expériences. Le CATI BARIC est soutenu par le département Santé des Plantes et Environnement (SPE) de INRAE.
Les membres du plateau font aussi partie du PEPI IBIS (Partage d'Expérience et de Pratique en Informatique - Ingénierie Bio Informatique et Statistique pour les données haut-débit, https://wiki.inrae.fr/wiki/pepibioinfostats/ ). Les PEPI ont été mises en place en 2010, pour venir compléter la structuration de l'informatique à INRAE. Les PEPI sont des réseaux métiers pour favoriser les échanges permanents (formations, pôles d'animations thématiques, etc) entre acteurs de l'informatique quelque soit leur CATI d'appartenance.
Le plateau est engagé dans un partenariat avec la plateforme UCAGenomiX@IPMC – Institut de Pharmacologie Moléculaire et Cellulaire, dans le cadre du projet France Génomique pour le traitement et la mise à disposition des séquences produites localement.

Equipements et Resources

 Nos ressources informatiques internes avec une architecture logicielle SLURM déployée :

Cluster de calcul

• 1 serveur PowerEdge T630, 32 Go RAM, 13 To HDD utiles, 12 CPUs
• 1 serveur PowerEdge R910, 512 Go RAM, 1,3 To HDD utiles, 64 CPUs
• 1 serveur PowerEdge R930, 765 Go RAM, 14 To HDD utiles, 72 CPUs
• 1 serveur ProLiant DL365 Gen10+, 1,5 To RAM, 14 To HDD utiles, 256 CPUs

Stockage

• 1 baie de stockage SCv3000 de capacité 292 To
• 1 baie de stockage HPE Apollo 4200 Gen10 400 To
• 1 serveur de stockage HPE Proliant DL380 Gen10+ 198 To

Serveurs d'applications bioinformatiques

• 1 serveur PowerEdge R520, 32 Go RAM, 3,5 To HDD utiles, 12 CPUs hébergeant 5 machines virtuelles
• 1 serveur PowerEdge R540, 64 Go RAM, 12 To HDD utiles, 32 CPUs hébergeant 5 machines virtuelles

Nous disposons d’accès aux plateformes bioinformatiques suivantes:

• la plateforme bioinformatique GenOuest
• la plateforme GenoToulBioinfo

Comité Scientifique Utilisateur (CSU)  

Le Comité Scientifique Utilisateur définit les orientations du plateau. Il définit en concertation avec les membres du plateau, les évolutions technologiques prioritaires. Si nécessaire, il examine les projets scientifiques soumis au plateau afin de les prioriser le cas échéant. Il donne un avis sur les prévisions budgétaires et sur les montants des tarifications.

• Membres du CSU

Philippe Castagnone (Directeur d’Unité)
Karine Hugot (Responsable Equipe PlantBIOs)

Stephen Ambrogio (Equipe EQA)
Alexandre Boscari (Equipe IRL)
Alexandra Brun-Barale (Equipe BES)
Vincent Calcagno (Equipe M2P2)
Olivier Croce (Expert Externe, IRCAN)
Etienne Danchin (Equipe GAME)
Frédérique Hilliou (Equipe IPIE)
Jean-Luc Gatti (Equipe MIB)
Stéphanie Jaubert-Possamai (Equipe IPN)
Marie-Line Kuhn (Equipe IPO)
Eric Lombaert (Equipe BPI)
Nicolas Ris (Equipe RDLB)
Nuria Romero (Equipe DEB)

• Membres du plateau

Corinne Rancurel (IRCN - Responsable Opérationnelle CNRS - 100% ETP)
Etienne Danchin (DR2 - Responsable Scientifique INRAE -  20% ETP)
Martine Da-Rocha (IECN - INRAE - 100% ETP)
Arthur Péré (IRCN - INRAE - 100% ETP)

Contact

big.plantbios [at] inrae.fr