FAVERY Bruno

Parcours Scientifique et Diplômes universitaires

• 2023-actuel  Chef de Département Adjoint INRAE Santé des Plantes et Environnement (SPE)
• 2022-2025 Professeur invité à l’International Research Organisation for Advanced Science and Technology (IROAST) de l’université de Kumamoto (Japon).
• 2008 - Habilitation à Diriger la Recherche de l’Université Nice-Sophia Antipolis (UNS); autorisation d'inscription accordée par le Conseil Scientifique de l’Université en juillet 2007, soutenance le 30 septembre 2008 ;
• 2000-Actuel - Chargé de Recherche puis Directeur de Recherche (DR2 depuis 2008, DR1 depuis 2024) au sein de l’équipe Interactions Plantes-Nématodes de l’UMR INRA-UNS-CNRS dirigée par P. Abad ;
• 1999-2000 - Séjour post-doctoral réalisé au John Innes Centre (Norwich, Grande-Bretagne) Département de Biologie Cellulaire. « Etude de la différenciation racinaire chez Arabidopsis : analyse génétique et moléculaire d'un mutant de poils racinaires, kojak » sous la direction de L. Dolan.
• 1999 - Recrutement au concours de Chargé de Recherche CR2 INRA au sein du département Santé des Plantes et Environnement (SPE) ;
• 1995-1999 - Doctorat de l’Université Paris XI Orsay, spécialité Phytopathologie, réalisé au sein du Laboratoire de Biologie des Invertébrés, INRA d'Antibes. « Identification de gènes impliqués dans la formation des cellules géantes induites par les nématodes du genre Meloidogyne chez Arabidopsis thaliana » sous la direction de P. Abad ;
• 1995 - Recrutement en qualité d’Attaché Scientifique Contractuel (ASC) INRA au sein du département de Zoologie ;
• 1995 - DEA de Phytopathologie, Universités Paris VI, Paris XI et INAPG.
   

Thématique de recherche

Les nématodes à galles du genre Meloidogyne sont des vers parasites obligatoires des plantes, extrêmement polyphages. Ces nématodes sédentaires capables d'infecter plus de 2000 espèces de plantes constituent un problème phytosanitaire majeur à l'échelle mondiale. Les nématicides chimiques (tels que bromure de méthyle, l’aldicarbe et le dichloropropène), longtemps utilisés, sont très toxiques, délicats d'application, et parfois d'une efficacité insuffisante. L'utilisation de ces dangereux polluants, déjà sévèrement réglementée, est en cours d'interdiction (directive 2007/619/EC).

La résistance naturelle des plantes constitue un élément essentiel de la lutte contre les nématodes. Mais, elle est limitée par le nombre de gènes de résistance identifiés (certaines familles botaniques en sont totalement dépourvues) et le contournement possible par des populations de nématodes virulentes. Il est donc crucial de pouvoir disposer d’autres méthodes de lutte, reposant sur une connaissance approfondie des interactions plantes - nématodes.

Les nématodes à galles ont élaboré des mécanismes de parasitisme originaux et complexes. Au cours de l’interaction compatible, les nématodes à galles pénètrent au niveau des apex racinaires et induisent au niveau du cylindre central la formation de cellules nourricières hypertrophiées et polynucléées appelées « cellules géantes ». Ces cellules géantes résultent d’un processus de redifférenciation cellulaire où des mitoses successives se produisent, sans division cellulaire. Les cellules géantes matures atteignent une taille finale de plus de 400 fois la taille des cellules initiales et contiennent jusqu’à une centaine de noyaux. C’est grâce à ces structures que le nématode se nourrit et qu’il peut réaliser son cycle de développement. La formation des cellules géantes s'accompagne de l'hyperplasie des cellules vasculaires avoisinantes conduisant à la formation d'une galle entourant les cellules géantes et le nématode. Cette réaction secondaire constitue le symptôme le plus caractéristique de l'attaque des nématodes à galles. Le déterminisme génétique de l’induction et du maintien des cellules géantes n’est pas élucidé.

Une meilleure connaissance de la cascade d’évènements moléculaires qui conduit au développement et au maintien du parasite devrait permettre d’élaborer de nouvelles stratégies de résistance qui permettraient de bloquer le développement de ces nématodes.

Notre groupe est intéressé à comprendre le dialogue entre les nématodes à galles (principalement M. incognita et M. enterolobii) et leurs plantes hôtes en utilisant Arabidopsis, les Solanacées (tomates, tabac) et Medicago truncatula comme plantes modèles. Nous étudions les deux partenaires de l’interaction afin d’obtenir une vue plus complète des fonctions végétales corrompues par ces agents pathogènes et de comprendre comment les nématodes à galles manipulent les processus clés de la cellule végétale à leur propre profit. Nous avons ainsi caractérisé des régulateurs clés, essentiels pour l'ontogenèse des cellules géantes et le développement des nématodes: une protéine impliquée dans la réorganisation des microtubules (AtMAP65-3) (Caillaud et al., 2008), l’(homo) glutathion (Baldacci et al, 2012). ) et le récepteur d'un peptide de signalisation PSK (AtPSKR1) (Rodiuc et al., 2015).

Nous développons actuellement des projets pour (i) caractériser les effecteurs spécifiques des nématodes à galles et leurs cibles végétales ; (ii) explorer le rôle des petits ARN non codants dans la régulation de l’expression des gènes dans les galles ainsi que les peptides hormonaux et (iii) étudier la perception de l’hôte par les larves pré-parasitaires. Ainsi, nous avons identifié des effecteurs conservés chez les nématodes à galles et leurs cibles végétales (Mejias et al., 2021 & 2022; Truong et al., 2021; Zhao et al., 2019, 2020 & 2021), démontré l'implication de microARN, miR159 et les microARN répondant au cuivre, dans la réponse de la plante aux nématodes à galles (Medina et al., 2017 ; Noureddine et al. 2022) et caractérisé des molécules attractantes pour les nématodes (Tsai et al., 2019; Oota et al., 2020).

Principaux Financements

• INRA-Syngenta TARGETOME 2014-2019 et INRAE-Syngenta NEM-TARGETOME projet 2020-2024 (coordination)
• Programme de collaboration bilatérale Franco-Japonaise PHC SAKURA 2016 #35891VD (co-coordination with Pr S Sawa, Kumamoto University) “Study of the molecular dialogue between plant-parasitic root-knot nematodes and their host plant”
•  Programme de collaboration bilatérale Franco-Japonaise PHC SAKURA 2019 (coordination Y. Kadota Riken, Yokohama, Japon et S Jaubert-Possamai, France) « Molecular analyses of recognition mechanisms during plant and plant-parasitic nematode interactions»
• Programme de collaboration bilatérale Franco-Chinoise PHC XU GUANGQI 2020 #45478PF (co-coordination)
• ANR AAPG 2018 ADMIRE « ADaptation of MeloIdogyne to host Resistance” Partenariat avec IHPE Perpignan et IPMC Sophia Antipolis, France (coordination P. Abad).
• ANR AAPG 2020 STRESS-PEPT “Characterization of secreted peptides involved in the response to biotic stress in Arabidopsis”; Partenariat avec IRHS Angers, LRSV Toulouse, PAPPSO Paris XI, France.
• ANR AAPG 2020 SYMPA-PEP «SYMbiotic & PAthogenic PEPtides at the interface between plants and microorganisms» Partenariat avec N. Frei-dit-Frey (LRSV, Castanet-Tolosan, coordination) & F. Frugier (IPS2, Paris-Saclay), France.
• ANR AAPG 2021 MASH “Modulation of mRNA alternative splicing by root-knot nematode” 2022-2025 (coordination). Partenariat avec J Bazin (IPS2, Paris Saclay), France.
• Projet européen NEM-EMERGE 2024-2028
• Projet CASDAR 2025-2028. Connaissances - Elaboration d’une méthode de protection biologique innovante avec des acariens prédateurs contre les nématodes à galle Meloidogyne en maraîchage MELOMITES. Coordination APREL (Association Provençale de Recherche et d'Expérimentation Légumière), autres partenaires impliqués : CDDM, GRAB, start-up Evolutive Agronomy, INRAE.
• Projet ANR AAP Générique 2025, CLIPS (2026-2029) Coordinateur N. Frei-dit-Frey (LRSV, Castanet-Tolosan), partenaire  F. Frugier (IPS2, Paris)
• AMI PARSADA METASERV (2025-2028) Mise en place d’une ressource génétique de plantes de service et phénotypage multi échelle pour le développement des pratiques agroécologiques. Coordination IJPB INRAE Versailles, 

Activités diverses

- Membre élu du Conseil Scientifique du Département SPE (de 2011 à 2017) ; Membre élu du Conseil de l’UMR IPMSV (2004-2006), IBSV (2008-2011) et ISA (2017), du Conseil Scientifique du Centre de Sophia-Antipolis (2004-2011) et du Conseil Scientifique Stratégique de l’Institut Agrobiotech (COSTRA, 2006-2011); de comité scientifique du Labex Signalife (depuis 2017) et des comités de sélection des étudiant.e.s en thèse et des candidats internationaux des chaires d’excellence du Labex (2021, 2022).

- Evaluation de projets scientifiques nationaux et internationaux (NWO,NSF and BARD) et d’unités de recherche publique (AERES, HCERES 2016, 2020-2021).

- Evaluation d’articles pour des revues internationales à comité de lecture : (e.g. PNAS, Plant Cell, Plant Journal, New Phytol, Plant Physiology, Molecular Plant, J Exp. Bot., PLoS Pathogens …)

- Comité d'organisation de réunions nationales et internationales : réunions annuelles du réseau INRAE Effectome (2012-2020) et MoDip "Molecular Dialogue in plant-microbe interaction" (2021) (Lauret, 50-70 participants), réunion annuelle du Signalife labex (2017, 2020 & 2022 ; Nice, 130 participants) ; réunion du Nice Labex RNA (2019 & 2022 ; Nice, 130 participants), Congrès International de Nématologie (ICN) 2022 (Antibes-Juan les pins, 600 participants).

- Enseignements dans plusieurs programmes de Master à l’Université Côte d’Azur (Masters SVS, BOOST)(depuis 2012), Université Toulouse, Université Oran-Algeria (2015-2016); Erasmus + Capacity building in Higher Education: Nematology Education in Sub-Sahara Africa « NEMEDUSSA » (molecular tools in Nematology 2021; jeunes scientifiques africain d’Ouganda, Ethiopia, South Africa).

- Jury (30) et encadrement de thèse  (8 dont Dr Yara Noureddine 2021; Salomé Soulé and Sarah Ranty-Roby, en cours).

- Information scientifique et technique à destination d'un large public, actions de diffusion auprès des établissements scolaires. Participation au projet MEDITES pour développer la culture scientifique des jeunes dans les zones prioritaires : intervention dans les collèges défavorisés (2015-2018) ; Accueil de collégiens, présentation du métier de chercheur dans un collège.

Publications

83 publications dans des journaux internationaux à comité de lecture et chapitres d’ouvrage et 6 brevets; h-index 35/40 (WoS/Google Scholar); citations 4686/7866, dont Nature Biotechnology, Nature Comm, Molecular plant, Curr. Opin. Biotech., Plant Cell, PLoS Pathogens, PLoS One, Plant J, New Phytol., MPMI, Genes & Development, EMBO J. 139 communications dans des congrès (56 communications orales dont nternational Congress on Molecular Plant-Microbe Interactions (MPMI), International Congress of Nematology (ICN), Congress of the European Society of Nematologists (ESN), Gordon Conference).

Dans les 5 dernières années …

1.     Calia G., Porracciolo P., Chen Y.P., Kozlowski D., Schuler H., Cestaro A., Quentin M., Favery B., Danchin E.G.J., Bottini S. (2024) Identification and characterization of specific motifs in effector proteins of plant parasites using MOnSTER. Communications Biology 7:850. https://doi.org/10.1038/s42003-024-06515-9. PMID: 38992096, OA

2.     Ranty-Roby, S., Pontvianne, F., Quentin, M.*, Favery, B.* (2024). The overlooked manipulation of nucleolar functions by plant pathogen effectors. Frontiers in Plant Science in press. Front. Plant Sci. 15:1445097. https://doi.org/10.3389/fpls.2024.1445097, OA.

3.     Soulé, S, Huang, K., Mulet, K., Mejias, J., Bazin, J., Truong, N.M., Lusu, K.J., Jaubert, S., Abad, P., Zhao, J.*, Favery, B*, Quentin, M.* (2024) The root-knot nematode effector MiEFF12 targets the host ER quality control system to suppress immune responses and allow parasitism. Mol. Plant Pathol., 00, e13491. (* co-corresponding authors). https://doi.org/ 10.1111/mpp.13491; https://hal.inrae.fr/hal-04637246v1. PMID: 38961768, OA

4.     Zhao J., Huang K., Liu R., Lai Y., Abad P., Favery B., Jian H., Ling J., Li Y., Yang Y., Xie B., Quentin M.*, Mao Z.* (2023) A root-knot nematode effector Mi2G02 hijacks a host plant trihelix transcription factor for nematode parasitism. Plant Communications 5 (2), 100723. https://doi.org/10.1016/j.xplc.2023.100723, https://hal.inrae.fr/hal-04221995, (* co-corresponding authors). PMID: 37742073, OA

5.     Chen Y.P., Liu Q., Sun X., Liu L., Zhao J., Yang S., Wang X., Quentin M., Abad P., Favery B.*, Jian H.* (2023) Meloidogyne enterolobii MeMSP1 effector targets the glutathione-S-transferase phi GSTF family in Arabidopsis to manipulate the host metabolism and promote nematode parasitism. New Phytologist 240 (6): 2468-2483 (* co-corresponding authors). https://doi.org/10.1111/nph.19298, https://hal.inrae.fr/hal-04239152 (* co-corresponding authors)

6.     Noureddine Y., da Rocha M., An J., Medina C., Mejias J., Mulet, K., Quentin M., Abad P., Zouine M., Favery B., Jaubert‐Possamai S. (2023). AUXIN RESPONSIVE FACTOR8 regulates development of the feeding site induced by root knot nematodes in tomato. Journal of Experimental Botany https://dx.doi.org/10.1093/jxb/erad208, https://hal.inrae.fr/hal-04227771.

7.     Oota M., Toyoda S., Kotake T., Wada N., Hashiguchi M., Akashi R., Ishikawa H., Favery B., Tsai A.-L., Sawa S. (2023). Rhamnogalacturonan-I as a nematode chemoattractant from Lotus corniculatus L. super-growing root culture. Frontiers in Plant Science, 13, https://dx.doi.org/10.3389/fpls.2022.1008725, https://hal.inrae.fr/hal-04070738, OA

8.     Mejias, J., Chen, Y.P., Bazin, J., Truong, N-M., Mulet, K., Y. Noureddine, Jaubert-Posamai, S., Ranty-Roby, S., Soulé S, Abad, P., Crespi, M., Favery, B.* and Quentin, M.* (2022) Silencing the conserved SmD1 target gene alters susceptibility to root-knot nematodes in plants. BioRxiv.: https://doi.org/10.1101/2020.11.25.398149; Plant Physiology. 189: 1741–1756. https://doi.org/10.1093/plphys/kiac155 PMID: 35385078. * co-corresponding authors.

9.     Noureddine, Y., Mejias, J., da Rocha, M., Thomine, S., Quentin, M., Abad, P., Favery, B., Jaubert-Possamai, S. (2022) Copper microRNAs modulate the formation of giant feeding cells induced by the root knot nematode Meloidogyne incognita in Arabidopsis thaliana (BioRxiv. https://doi.org/110.1101/2021.10.25.465754); New Phytologist 236: 283–295 http://doi.org/10.1111/nph.18362. PMID: 35801827. 

10.   HASSANALY-GOULAMHOUSSEN Rahim, AUGUSTO Ronaldo De Carvalho, MARTEU-GARELLO Nathalie, PÉRÉ Arthur, FAVERY Bruno, DA ROCHA Martine, DANCHIN Etienne, ABAD Pierre, GRUNAU Christoph, PERFUS-BARBEOCH Laetitia, DE CARVALHO AUGUSTO Ronaldo. 2021. Chromatin landscape dynamics in the early development of the plant parasitic nematode Meloidogyne incognita. Frontiers in Cell and Developmental Biology. 9. 765690. 10.1101/2021.05.11.443567

11.   MEJIAS Joffrey, BAZIN Jérémie, TRUONG Nhat‐My, CHEN Yongpan, MARTEU Nathalie, BOUTEILLER Nathalie, SAWA Shinichiro, CRESPI Martin, VAUCHERET Hervé, ABAD Pierre, FAVERY Bruno, QUENTIN Michaël. 2021. The root‐knot nematode effector MiEFF18 interacts with the plant core spliceosomal protein SmD1 required for giant cell formation. New Phytologist. 229, 6. 3408-3423. 10.1111/nph.17089

12.   SAINTENAC Cyrille, CAMBON Florence, AOUINI Lamia, VERSTAPPEN Els, GHAFFARY Seyed Mahmoud Tabib, POUCET Théo, MARANDE William, BERGES Hélène, XU Steven, JAOUANNET Maëlle, FAVERY Bruno, ALASSIMONE Julien, SÁNCHEZ-VALLET Andrea, FARIS Justin, KEMA Gert, ROBERT Oliver, LANGIN Thierry. 2021. A wheat cysteine-rich receptor-like kinase confers broad-spectrum resistance against Septoria tritici blotch. Nature Communications. 12, 1. 433. 10.1038/s41467-020-20685-0

13.   TRUONG Nhat, CHEN Yongpan, MEJIAS Joffrey, SOULÉ Salomé, MULET Karine, JAOUANNET Maëlle, JAUBERT-POSSAMAI Stéphanie, SAWA Shinichiro, ABAD Pierre, FAVERY Bruno, QUENTIN Michaël. 2021. The Meloidogyne incognita Nuclear Effector MiEFF1 Interacts With Arabidopsis Cytosolic Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenases to Promote Parasitism. Frontiers in Plant Science. 12. 641480. 10.3389/fpls.2021.641480

14.   ZHAO Jianlong, SUN Q, QUENTIN Michaël, LING J, ABAD Pierre, ZHANG X, LI Y, YANG Y, FAVERY Bruno, MAO Z, XIE BA. 2021. A Meloidogyne incognita C-type lectin effector targets plant catalases to promote parasitism. New Phytologist. 232. 2124-2137. 10.1111/NPH.17690

15.   Favery, B., Dubreuil, G., Chen M.-S., Giron, D., Abad, P. (2020). Gall-Inducing Parasites: Convergent and Conserved Strategies of Plant Manipulation by Insects and Nematodes. Annual Review of Phytopathology, 58, 1-22. https://doi.org/10.1146/annurev-phyto-010820-012722. PMID: 32853101

16.   Frei dit Frey, N, Favery, B. (2020). Plant-parasitic nematode secreted peptides hijack a plant secretory pathway. New Phytologist, 229, 11-13. https://doi.org/10.1111/nph.16842. PMID: 32860721.

17.   Oota M., Tsai A.Y-L, Aoki D., Matsushita Y., Toyoda, S., Fukushima K., Saeki K., Toda K., Perfus-Barbeoch L., Favery B., Ishikawa H. and Sawa S. (2020) Identification of naturally-occurring polyamines as nematode Meloidogyne incognita attractants. Molecular Plant, pii: S1674-2052(19)30407-1. https://doi: 10.1016/j.molp.2019.12.010. PMID 31891776.

18.   Sawa, S., Sato, M. H., Favery, B. (2020). Editorial: Developmental Modification under Biotic Interactions in Plants. Frontiers in Plant Science, 11, Article 619804. https://doi.org/10.3389/fpls.2020.619804.

19.   Zhao J., Mejias, J., Quentin, M., Chen, Y., de Almeida-Engler, J., Mao, Q., Sun, Q., Liu, Q., Xie, B., Abad, P., Favery B*. Jian, H.* (2020). The root-knot nematode MiPDI1 effector targets a stress-associated protein SAP to establish disease in Solanaceae and Arabidopsis. New Phytologist, 228: 1417–1430. https://doi.org/10.1111/nph.16745, PMID: 32542658.