FAVERY Bruno

Parcours Scientifique et Diplômes universitaires

• 2022 - Professeur invité à l’International Research Organisation for Advanced Science and Technology (IROAST) de l’université de Kumamoto (Japon).
• 2008 - Habilitation à Diriger la Recherche de l’Université Nice-Sophia Antipolis (UNS); autorisation d'inscription accordée par le Conseil Scientifique de l’Université en juillet 2007, soutenance le 30 septembre 2008 ;
• 2000-Actuel - Chargé de Recherche puis Directeur de Recherche (DR2 depuis 2008) au sein de l’équipe Interactions Plantes-Nématodes de l’UMR INRA-UNS-CNRS dirigée par P. Abad ;
• 1999-2000 - Séjour post-doctoral réalisé au John Innes Centre (Norwich, Grande-Bretagne) Département de Biologie Cellulaire. « Etude de la différenciation racinaire chez Arabidopsis : analyse génétique et moléculaire d'un mutant de poils racinaires, kojak » sous la direction de L. Dolan.
• 1999 - Recrutement au concours de Chargé de Recherche CR2 INRA au sein du département Santé des Plantes et Environnement (SPE) ;
• 1995-1999 - Doctorat de l’Université Paris XI Orsay, spécialité Phytopathologie, réalisé au sein du Laboratoire de Biologie des Invertébrés, INRA d'Antibes. « Identification de gènes impliqués dans la formation des cellules géantes induites par les nématodes du genre Meloidogyne chez Arabidopsis thaliana » sous la direction de P. Abad ;
• 1995 - Recrutement en qualité d’Attaché Scientifique Contractuel (ASC) INRA au sein du département de Zoologie ;
• 1995 - DEA de Phytopathologie, Universités Paris VI, Paris XI et INAPG.

Thématique de recherche

Les nématodes à galles du genre Meloidogyne sont des vers parasites obligatoires des plantes, extrêmement polyphages. Ces nématodes sédentaires capables d'infecter plus de 2000 espèces de plantes constituent un problème phytosanitaire majeur à l'échelle mondiale. Les nématicides chimiques (tels que bromure de méthyle, l’aldicarbe et le dichloropropène), longtemps utilisés, sont très toxiques, délicats d'application, et parfois d'une efficacité insuffisante. L'utilisation de ces dangereux polluants, déjà sévèrement réglementée, est en cours d'interdiction (directive 2007/619/EC).

La résistance naturelle des plantes constitue un élément essentiel de la lutte contre les nématodes. Mais, elle est limitée par le nombre de gènes de résistance identifiés (certaines familles botaniques en sont totalement dépourvues) et le contournement possible par des populations de nématodes virulentes. Il est donc crucial de pouvoir disposer d’autres méthodes de lutte, reposant sur une connaissance approfondie des interactions plantes - nématodes.

Les nématodes à galles ont élaboré des mécanismes de parasitisme originaux et complexes. Au cours de l’interaction compatible, les nématodes à galles pénètrent au niveau des apex racinaires et induisent au niveau du cylindre central la formation de cellules nourricières hypertrophiées et polynucléées appelées « cellules géantes ». Ces cellules géantes résultent d’un processus de redifférenciation cellulaire où des mitoses successives se produisent, sans division cellulaire. Les cellules géantes matures atteignent une taille finale de plus de 400 fois la taille des cellules initiales et contiennent jusqu’à une centaine de noyaux. C’est grâce à ces structures que le nématode se nourrit et qu’il peut réaliser son cycle de développement. La formation des cellules géantes s'accompagne de l'hyperplasie des cellules vasculaires avoisinantes conduisant à la formation d'une galle entourant les cellules géantes et le nématode. Cette réaction secondaire constitue le symptôme le plus caractéristique de l'attaque des nématodes à galles. Le déterminisme génétique de l’induction et du maintien des cellules géantes n’est pas élucidé.

Une meilleure connaissance de la cascade d’évènements moléculaires qui conduit au développement et au maintien du parasite devrait permettre d’élaborer de nouvelles stratégies de résistance qui permettraient de bloquer le développement de ces nématodes.

Notre groupe est intéressé à comprendre le dialogue entre les nématodes à galles (principalement M. incognita et M. enterolobii) et leurs plantes hôtes en utilisant Arabidopsis, les Solanacées (tomates, tabac) et Medicago truncatula comme plantes modèles. Nous étudions les deux partenaires de l’interaction afin d’obtenir une vue plus complète des fonctions végétales corrompues par ces agents pathogènes et de comprendre comment les nématodes à galles manipulent les processus clés de la cellule végétale à leur propre profit. Nous avons ainsi caractérisé des régulateurs clés, essentiels pour l'ontogenèse des cellules géantes et le développement des nématodes: une protéine impliquée dans la réorganisation des microtubules (AtMAP65-3) (Caillaud et al., 2008), l’(homo) glutathion (Baldacci et al, 2012). ) et le récepteur d'un peptide de signalisation PSK (AtPSKR1) (Rodiuc et al., 2015).

Nous développons actuellement des projets pour (i) caractériser les effecteurs spécifiques des nématodes à galles et leurs cibles végétales ; (ii) explorer le rôle des petits ARN non codants dans la régulation de l’expression des gènes dans les galles ainsi que les peptides hormonaux et (iii) étudier la perception de l’hôte par les larves pré-parasitaires. Ainsi, nous avons identifié des effecteurs conservés chez les nématodes à galles et leurs cibles végétales (Mejias et al., 2021 & 2022; Truong et al., 2021; Zhao et al., 2019, 2020 & 2021), démontré l'implication de microARN, miR159 et les microARN répondant au cuivre, dans la réponse de la plante aux nématodes à galles (Medina et al., 2017 ; Noureddine et al. 2022) et caractérisé des molécules attractantes pour les nématodes (Tsai et al., 2019; Oota et al., 2020).

Principaux Financements

• INRA-Syngenta TARGETOME 2014-2019 et INRAE-Syngenta NEM-TARGETOME projet 2020-2024 (coordination)
• Programme de collaboration bilatérale Franco-Japonaise PHC SAKURA 2016 #35891VD (co-coordination with Pr S Sawa, Kumamoto University) “Study of the molecular dialogue between plant-parasitic root-knot nematodes and their host plant”
•  Programme de collaboration bilatérale Franco-Japonaise PHC SAKURA 2019 (coordination Y. Kadota Riken, Yokohama, Japon et S Jaubert-Possamai, France) « Molecular analyses of recognition mechanisms during plant and plant-parasitic nematode interactions»
• Programme de collaboration bilatérale Franco-Chinoise PHC XU GUANGQI 2020 #45478PF (co-coordination)
• ANR AAPG 2018 ADMIRE « ADaptation of MeloIdogyne to host Resistance” Partenariat avec IHPE Perpignan et IPMC Sophia Antipolis, France (coordination P. Abad).
• ANR AAPG 2020 STRESS-PEPT “Characterization of secreted peptides involved in the response to biotic stress in Arabidopsis”; Partenariat avec IRHS Angers, LRSV Toulouse, PAPPSO Paris XI, France.
• ANR AAPG 2020 SYMPA-PEP «SYMbiotic & PAthogenic PEPtides at the interface between plants and microorganisms» Partenariat avec N. Frei-dit-Frey (LRSV, Castanet-Tolosan, coordination) & F. Frugier (IPS2, Paris-Saclay), France.
• ANR AAPG 2021 MASH “Modulation of mRNA alternative splicing by root-knot nematode” 2022-2025 (coordination). Partenariat avec J Bazin (IPS2, Paris Saclay), France.

Activités diverses

- Membre élu du Conseil Scientifique du Département SPE (de 2011 à 2017) ; Membre élu du Conseil de l’UMR IPMSV (2004-2006), IBSV (2008-2011) et ISA (2017), du Conseil Scientifique du Centre de Sophia-Antipolis (2004-2011) et du Conseil Scientifique Stratégique de l’Institut Agrobiotech (COSTRA, 2006-2011); de comité scientifique du Labex Signalife (depuis 2017) et des comités de sélection des étudiant.e.s en thèse et des candidats internationaux des chaires d’excellence du Labex (2021, 2022).

- Evaluation de projets scientifiques nationaux et internationaux (NWO,NSF and BARD) et d’unités de recherche publique (AERES, HCERES 2016, 2020-2021).

- Evaluation d’articles pour des revues internationales à comité de lecture : (e.g. PNAS, Plant Cell, Plant Journal, New Phytol, Plant Physiology, Molecular Plant, J Exp. Bot., PLoS Pathogens …)

- Comité d'organisation de réunions nationales et internationales : réunions annuelles du réseau INRAE Effectome (2012-2020) et MoDip "Molecular Dialogue in plant-microbe interaction" (2021) (Lauret, 50-70 participants), réunion annuelle du Signalife labex (2017, 2020 & 2022 ; Nice, 130 participants) ; réunion du Nice Labex RNA (2019 & 2022 ; Nice, 130 participants), Congrès International de Nématologie (ICN) 2022 (Antibes-Juan les pins, 600 participants).

- Enseignements dans plusieurs programmes de Master à l’Université Côte d’Azur (Masters SVS, BOOST)(depuis 2012), Université Toulouse, Université Oran-Algeria (2015-2016); Erasmus + Capacity building in Higher Education: Nematology Education in Sub-Sahara Africa « NEMEDUSSA » (molecular tools in Nematology 2021; jeunes scientifiques africain d’Ouganda, Ethiopia, South Africa).

- Jury (30) et encadrement de thèse  (8 dont Dr Yara Noureddine 2021; Salomé Soulé and Sarah Ranty-Roby, en cours).

- Information scientifique et technique à destination d'un large public, actions de diffusion auprès des établissements scolaires. Participation au projet MEDITES pour développer la culture scientifique des jeunes dans les zones prioritaires : intervention dans les collèges défavorisés (2015-2018) ; Accueil de collégiens, présentation du métier de chercheur dans un collège.

Publications

68 publications dans des journaux internationaux à comité de lecture et chapitres d’ouvrage et 6 brevets; h-index 27; citations WoS 3161, dont Nature Biotechnology, Curr. Opin. Biotech., Plant Cell, PLoS Pathogens, PLoS One, Plant J, New Phytol., MPMI, Genes & Development, EMBO J. 132 communications dans des congrès (56 communications orales dont nternational Congress on Molecular Plant-Microbe Interactions (MPMI), International Congress of Nematology (ICN), Congress of the European Society of Nematologists (ESN), Gordon Conference).

Dans les 5 dernières années …

1. Noureddine, Y., da Rocha, M., Thomine, S., Quentin, M., Abad, P., Favery, B., Jaubert-Possamai, S. (2021) Copper microRNAs govern the formation of giant feeding cells induced by the root knot nematode Meloidogyne incognita in Arabidopsis thaliana BioRxiv. https://doi.org/110.1101/2021.10.25.465754.
2. Mejias, J., Chen, Y.P., Bazin, J., Truong, N-M., Mulet, K., Y. Noureddine, Jaubert-Posamai, S., Ranty-Roby, S., Soulé S, Abad, P., Crespi, M., Favery, B.* and Quentin, M.* (2022) Silencing the conserved small nuclear ribonucleoprotein SmD1 target gene alters susceptibility to root-knot nematodes in plants. Published in BioRxiv https://doi.org/10.1101/2020.11.25.398149 and Plant Physiology in press. https://doi.org/ 10.1093/plphys/kiac155/6564232 * co-corresponding authors.
3. Hassanaly-Goulamhoussen, R., De Carvalho Augusto, R., Marteu-Garello, N., Péré, A., Favery, B., Da Rocha, M., Danchin, E., Abad, P., Grunau, C., Perfus-Barbeoch, L. (2021) Chromatin landscape dynamics in development of the plant parasitic nematode Meloidogyne incognita. Published in BioRxiv and Front. Cell Dev. Biol. 9:765690. https://doi.org/10.3389/fcell.2021.765690. PMID: 34938734
4. Mejias, J., Bazin, J., Truong, N-M., Marteu, N., Sawa, S., Crespi, M.D., Vaucheret, H., Abad, P., Favery, B.* and Quentin, M.* (2021) The Root-Knot Nematode Effector MiEFF18 Interacts with the Plant Core Spliceosomal Protein SmD1 Required for Giant Cell Formation. New Phytologist, https://doi.org/10.1111/nph.17089, 229, 3408-3423. * co-corresponding authors PMID: 33206370
5. Saintenac C., Cambon F., Aouini L., Verstappen E., Ghaffary S.M.T., Poucet T., Marande W., Berges H., Xu, S., Jaouannet M., Favery B., Alassimone J., Sanchez-Vallet A., Faris J., Kema G., Robert O. and Langin T. (2021) A wheat cysteine-rich receptor-like kinase confers broad-spectrum resistance against Septoria tritici blotch. Nature Communication, 12, 433. https://doi.org/10.1038/s41467-020-20685-0. PMID 33469010
6. Truong, N-M., Chen, Y.P., Mejias, J., Soulé, S., Mulet, K., Jaouannet, M., Jaubert-Possamai, S., Sawa, S., Abad, P., Favery, B.* and Quentin, M.* (2021) The Meloidogyne incognita nuclear effector MiEFF1 interacts with Arabidopsis cytosolic glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenases to promote parasitism. Frontiers in Plant Science, 12:641480. https://doi.org/10.3389/fpls.2021.641480. * co-corresponding authors. PMID 33897729
7. Zhao J., Sun, Q., Quentin, M., Ling, J., Abad, P., Zhang, X., Li, Y., Yang, Y., Favery, B.^*, Mao, Z*., Xie, B.A* (2021) A Meloidogyne incognita C-type lectin effector targets plant catalases to promote parasitism. New Phytologist, 232: 2124–2137. https://doi.org/10.1111/NPH.17690, * co-corresponding authors.
8. Sawa, S., Sato, M. H., Favery, B. (2020). Editorial: Developmental Modification under Biotic Interactions in Plants. Frontiers in Plant Science, 11, Article 619804. https://doi.org/10.3389/fpls.2020.619804.
9. Frei dit Frey, N, Favery, B. (2020). Plant-parasitic nematode secreted peptides hijack a plant secretory pathway. New Phytologist, doi.org/10.1111/nph.16842, in press. PMID: 32860721.
10. Favery, B., Dubreuil, G., Chen M.-S., Giron, D., Abad, P. (2020). Gall-Inducing Parasites: Convergent and Conserved Strategies of Plant Manipulation by Insects and Nematodes. Annual Review of Phytopathology, 58, 1-22. doi.org/10.1146/annurev-phyto-010820-012722. PMID: 32853101.
11. Zhao J., Mejias, J., Quentin, M., Chen, Y., de Almeida-Engler, J., Mao, Q., Sun, Q., Liu, Q., Xie, B., Abad, P., Favery B*. Jian, H.* (2020). The root-knot nematode MiPDI1 effector targets a stress-associated protein SAP to establish disease in Solanaceae and Arabidopsis. New Phytologist, doi.org/10.1111/nph.16745, in press. PMID: 32542658..* co-corresponding authors
12. Oota M., Tsai A.Y-L, Aoki D., Matsushita Y., Toyoda, S., Fukushima K., Saeki K., Toda K., Perfus-Barbeoch L., Favery B., Ishikawa H. and Sawa S. (2020) Identification of naturally-occurring polyamines as nematode Meloidogyne incognita attractants. Molecular Plant, pii: S1674-2052(19)30407-1. doi: 10.1016/j.molp.2019.12.010. PMID 31891776.
13. Jaubert-Possamai S., Noureddine Y., Favery B. (2019). MicroRNAs, new players in the plant-nematode interaction. Frontiers in Plant Science, 10: 1180. doi: 10.3389/fpls.2019.01180. PMID: 31681347.
14. Mejias J., Truong N. M., Abad P., Favery B., Quentin, M. (2019). Plant proteins and processes targeted by parasitic nematodes effectors. Frontiers in Plant Science. 10, 970. doi: 10.3389/fpls.2019.00970. PMID: 31417587.
15. Zhao J., Li L., Liu Q., Liu P., Li S., Yang D., Chen Y., Favery B., Abad, P., Jian, H. (2019) A MIF like effector of Meloidogyne incognita suppresses plant immunity and assists parasitism by interacting with annexins. J. Exp. Bot. 70(20):5943-5958. doi: 10.1093/jxb/erz348. PMID: 31365744.
16. Marmonier A., Perfus-Barbeoch L., Rancurel C., Boissinot S., Favery B., Demangeat G. and Brault V. (2019) In vitro acquisition of specific small interfering RNAs inhibited inhibits the expression of some target genes in the plant ectoparasite Xiphinema index. International Journal of Molecular Sciences, 3;20(13). pii: E3266. doi:%2010.3390/ijms20133266. PMID: 31277202.
17. Tsai A.Y-L, Higaki T., Nguyen, C-N., Perfus-Barbeoch L., Favery B., Sawa S. (2019) Regulation of Root-Knot Nematode Behavior by Seed Coat Mucilage-Derived Attractants. Molecular Plant, 12(1):99-112. doi: 10.1016/j.molp.2018.11.008. PMID: 30503864
18. Médina C., da Rocha M., Magliano, M., Raptopoulo, A., Marteu, N., Lebrigand, K., Abad, P., Favery, B., Jaubert-Possamai, S. (2018) Characterization of siRNAs clusters in Arabidopsis thaliana galls induced by the root-knot nematode Meloidogyne incognita. BMC Genomics, 19:943 ; doi.org/10.1186/s12864-018-5296-3.
19. Nguyen, C-N., Perfus-Barbeoch-Zurletto, L., Quentin, M., Zhao, J., Magliano, M., Marteu, N., Da Rocha, M., Nottet, N., Abad, P. & Favery, B. (2018) A root-knot nematode small glycine and cysteine-rich secreted effector, MiSGCR1, is involved in plant parasitism. New Phytologist 217: 687-699. PMID: 29034957, doi.org/10.1111/nph.14837
20. Allasia, V., Industri, B., Ponchet, M., Quentin, M., Favery, B.* and Keller, H.* (2018) Quantification of salicylic acid (SA) and SA-glucosides in Arabidopsis thaliana. Bio-protocol 8(10): e2844. doi: 2010.21769/BioProtoc.2844. * co-corresponding authors.
21. Jaouannet, M., Nguyen, C-N., Quentin, M., Jaubert-Possamai, S., Rosso, M.-N. and Favery, B. (2018). In situ Hybridization (ISH) in preparasitic and parasitic stages of the plant-parasitic nematodes Meloidogyne spp. Bio-protocol 8(6): e2766. doi: 10.21769/BioProtoc.2766.
22. Medina, C., Da Rocha, M., Magliano, M., Raptopoulo, A., Revel, B., Marteu, N., Magnone, V., Cabrera, J., Barcala, M., Pereira da Silva, A., Escobar, C., Abad, P., Favery, B., Jaubert-Possamai, S. (2017). Characterisation of microRNAs from Arabidopsis galls highlights a role for miR159 in the plant response to the root-knot nematodes Meloidogyne incognita. New Phytologist 216: 882–896. doi: 10.1111/nph.14717 PMID: 28906559

Brevets

• Quentin, M., Mejias, J., Truong, N.M., Abad, P., Favery, B. and Bonnet, G.. (2020). SYNGENTA, INRAE, Université Côte d'Azur, CNRS patent. “PLANTS WITH IMPROVED NEMATODE RESISTANCE”. EU EP20167882.8. Internationale extention in 2021
• WO2015/033328A1. Danchin, E., Abad, P., Perfus Barbeoch, L., Favery, B. (2015).”Method for reducing the plant parasitic nematode infestation level in a plant“; based on the European Patent EP20130306233. Applicant : Genoplante – Valor.
• WO2012/017067. Rodiuc N, Marco Y, Favery B, Keller H (2012). “Plants resistant to pathogens and methods for production thereof (Phytosulfokines and their receptor as novel breeding targets for plant resistance to diverse pests)”; based on the European Patent EP10305870 and patent N° PCT/EP2011. Applicant : Genoplante – Valor.
• WO2008/139334. Favery et al (2007/2008) Brevet déposé par Génoplante Valor “Method for increasing the resistance of a plant to endoparasitic nematode” “; based on the European Patent EP07290610.0. Applicant : Genoplante – Valor.
• WO2005/063989 Favery, B, Abad P. “Promoter nucleotidic sequences inducible by infection by pathogens”. Applicant : Genoplante – Valor.
• French patent 237155/D.17538/FFP. Abad P., Favery, B. (1998). Applicant : INRA (N°9807379) 11/06/ 1998  "Gènes de réponse aux nématodes".