"OpenMetBar & BarCodeR : deux outils complémentaires au service du métabarcoding"

Résumé :

Le métabarcoding est une approche moléculaire puissante permettant de caractériser la composition taxonomique des communautés biologiques (bactéries, archées, eucaryotes). Toutefois, la diversité des outils du domaine alourdit souvent le processus de traitement, d’analyse et de visualisation des données. Cette complexité peut conduire à l’augmentation du temps de mise en œuvre et une mise en péril de la reproductibilité.

Dans le cadre de ce séminaire, nous vous présenterons deux outils en cours de développement : un pipeline Nextflow et une application RShiny, conçus pour simplifier cette chaîne d’analyse. Ces solutions permettent non seulement de traiter efficacement les données de métabarcoding (des fichiers fastq à l’objet phyloseq), mais également d’analyser et de visualiser les résultats de manière intuitive (de l’objet phyloseq aux résultats et figures). Utilisés conjointement, ces deux outils ont pour vocation, à terme, d’offrir un gain de temps significatif et une meilleure reproductibilité des analyses de métabarcoding.