"De la séquence à la multi-omique : l'aspect informatique de la biologie"

Résumé :

La biologie computationnelle est une discipline très vaste, qui cherche à construire des modèles pour divers types de données expérimentales et de systèmes biologiques en utilisant des méthodes issues d'un large éventail de domaines mathématiques et computationnels. La tâche la plus importante des biologistes computationnels consiste peut-être à formuler les problèmes biomédicaux comme des problèmes computationnels. Cela implique souvent de considérer un système biologique d'une nouvelle manière, de remettre en question les hypothèses ou les théories actuelles sur les relations entre les parties du système, ou d'intégrer différentes sources d'information pour créer un modèle plus complet qui décrit mieux la complexité des phénotypes.

Dans ce séminaire, je donnerai un aperçu de la manière dont nous avons modélisé différents systèmes biologiques en utilisant différents types de données d'entrée pour répondre à une grande variété de questions scientifiques. Tout d'abord, je montrerai comment nous pouvons extraire le sens biologique des séquences de protéines en tirant parti de la bioinformatique et des approches d'apprentissage automatique pour améliorer la caractérisation et la prédiction des protéines effectrices.

Ensuite, je discuterai de la manière dont l'apprentissage profond peut modéliser les données omiques afin d'améliorer le diagnostic des maladies complexes.

Enfin, je montrerai quelques résultats préliminaires concernant la mise en œuvre d'une nouvelle approche à la croisée de l'apprentissage profond et de la théorie des jeux pour analyser les données multi-omiques et multimodales afin d'améliorer l'identification des modèles complexes d'expression génique dans les plantes pendant l'infection par des pathogènes.

Le séminaire pourra également être suivi via zoom:

https://inrae-fr.zoom.us/j/5785660130?omn=95873017305