Les étudiants et stagiaires

• 2023

> Maxime Multari - Master 1 Sciences du Vivant, parcours BBC (Bioinformatique et Biologie Computationnelle), Université de Nice (5 mois)
Sujet : Signatures multi omiques du contournement de la résistance par des nématodes phytoparasites.

> Mathis Pochon # - Master 1 Sciences du Vivant, parcours BBC (Bioinformatique et Biologie Computationnelle), Université de Nice (5 mois)
Sujet : Analyse transcriptionnelle de l’empreinte d’acclimatation à l’hôte chez le nématode phytoparasite Meloidogyne incognita.

> Alexandre Ricci - Master 1 BIBS, Université Paris-Saclay (2 mois)
Sujet : Etude des transferts horizontaux de gènes à partir de métagénomes long reads chez les Nématodes parasites de plantes.

> Ercan Seçkin - Master 2 Sciences du Vivant, parcours BIM (Biologie Informatique Mathématiques), Université de Nice (6 mois)
Sujet : Origine, histoire évolutive et prédiction des gènes orphelins dans les génomes de nématodes ravageurs de cultures.

> Mathieu Zallio # - Master 1 mention Bioinformatique, parcours BIMS, Université de Rouen Normandie, UFR Sciences et Techniques (5 mois)
Sujet : Développement d’un pipeline d’analyse permettant de suivre l’évolution du fardeau génétique à partir de données NGS.

• 2022

> Emmanuelle KULHANEK # - Master 1 Sciences de la Vie, parcours BIM (Biologie Informatique Mathématiques), Université de Nice (3 mois)
Sujet : Etude des profils transcriptomiques de la tomate en réponse à l'infestation par trois parasites.

> Lee MARIAULT - Master 2 Sciences de la Vie, parcours BIM (Biologie Informatique Mathématiques), Université de Nice (6 mois)
Sujet : Étude des variants structuraux dans les génomes de nématodes phytoparasites.

• 2021

> Mathilde BOYER # - 2ème année, DUT génie Biologique, option Bioinformatique (4 mois)
Sujet: Détection et analyse de transferts horizontaux de gènes d'origine non-métazoaire chez un insecte ravageur de cultures.

> Emmanuelle KULHANEK # - Master 1 Sciences de la Vie, parcours BIM (Biologie Informatique Mathématiques), Université de Nice (3 mois)
Sujet : Mise en place d'un gestionnaire de workflow d'analyse RNA-seq.

> Alyssia MARI - Master 2 Sciences de la Vie, parcours BIM (Biologie Informatique Mathématiques), Université de Nice (6 mois)
Sujet: Relocalisation subcellulaire des protéines et néo-fonctionnalisation après duplication chez les nématodes parasites de plantes.

> Mélanie MASSON - Master 2 Sciences de la Vie, parcours BIM (Biologie Informatique Mathématiques), Université de Nice (6 mois)
Sujet: Emergences de gènes de novo chez les nématodes parasites de plantes.

• 2020

> Alexia Kuntz - Master 2 Sciences de la Vie, Université de Bordeaux (6 mois)
Sujet: Devenir des gènes après duplication complète du génome chez un ravageur de culture hybride.

> Mélanie MASSON # - Master 1 Sciences de la Vie, parcours BIM (Biologie Informatique Mathématiques), Université de Nice (6 mois)
Sujet: Etude des Cytochrome_P450 dans l’adaptation des noctuelles à la polyphagie et à la résistance aux pesticides.

• 2019

> Adrien DECENEUX - Master 2 Sciences de la Vie, parcours BIM (Biologie Informatique Mathématiques), Université de Nice (6 mois)
Sujet: Mining soil metagenomes to identify horizontal gene transfers in root-knot nemato.

• 2018

> Alexia ALFARO # - Master 1 Sciences de la Vie, parcours BIM (Biologie Informatique Mathématiques), Université de Nice (5 mois)
Sujet: Analyse d'expression différentielle de gènes à partir de données RNA-seq d'un insecte : Spodoptera frugiperda.

> Julie DAZENIERE - Master 2 Sciences de la Vie, parcours BIM (Biologie Informatique Mathématiques), Université de Nice (6 mois)
Sujet: Organisation et expression des gènes du parasitisme chez un nématode ravageur de culture : Meloidogyne incognita.

> Marine POULLET - Master 2 Sciences de la Vie, parcours BIM (Biologie Informatique Mathématiques), Université de Nice (6 mois)
Sujet: Exploring the genomic structure of the root-knot nematode Meloidogyne enterolobii.

> Anaïs VACQUIER # - Master 2 Sciences de la Vie, parcours BIM (Biologie Informatique Mathématiques), Université de Nice (6 mois)
Sujet : Prédiction de microARN exprimés dans le cadre de l'interaction entre la tomate Solanum lycopersicum et le nématode Meloidogyne incognita.

• 2017

> Carole BELLIARDO # - Master 1 Sciences de la Vie, parcours BIM (Biologie Informatique Mathématiques), Université de Nice (5 mois)
Sujet: Recherche de transferts horizontaux d’origine virale dans les génomes de nématodes à galles.

• 2016

> Paul BACHELERIE # - Licence professionnelle de biotechnologie, option bioinformatique CNAM de Paris (6 mois)
Sujet: Conception et mise en place d'une base de données relationnelle visant à explorer les répertoires d'effecteurs chez les parasites de plantes.

> Solène GRANJEON # - 3ème année INSA de Lyon ( 2 mois )
Sujet: Mise en place d'une procédure de génération automatique d'arbres phylogénétiques et de l'analyse de leur topologie.

> Yujin KIM # - Licence 3 Sciences de la Vie, parcours BIM (Biologie Informatique Mathématiques), Université de Nice (1 mois)
Sujet: Identification de copies de gènes différentiellement exprimées dans le génome d’un nématode hybride et polyploïde: nettoyage, alignement, et estimation des niveaux d’expression sur données RNAseq .

> David PRATELLA # - Master 1 BIM (Biologie Informatique Mathématiques), Université de Nice  (5 mois)
Sujet: Identification de copies de gènes différentiellement exprimées dans le génome d’un nématode hybride et polyploïde: nettoyage, alignement, et estimation des niveaux d’expression sur données RNAseq.

• 2015

> Coralie HORIN # - 5ème année EPU de Nice (5 mois)
Sujet: Assemblage d'un transcriptome de référence de Tenebrio molitor

> Djampa KOZLOWSKI # - Master 1 BIM (Biologie Informatique Mathématiques), Université de Nice (5 mois)
Sujet: Etude phylogénétique des nématodes parasites à travers l'analyse de l'ADN mitochondrial.

• 2014

> Morgane DEMEOCQ # - Master 1 Sciences de la Vie, parcours BIM (Biologie Informatique Mathématiques), Université de Nice (5 mois)
Sujet: Annotation des éléments transposables dans les génomes de nématodes à galles. Mise en place de l'ensemble d'outils de REPET et d'un SGE.

> Céline ELIE # - 5ème année EPU de Nice (5 mois)
Sujet: Méta-analyse de la réponse de défense chez Spodoptera frugiperda - Lien entre immunité et détoxication ?

> Jonathan PASINI # -  4ème année INSA de Lyon (5 mois)
Sujet: Développement d'un pipeline bioinformatique générant des banques de séquences protéiques utilisables par le logiciel MASCOT.

• 2013

> Benjamin MERLET # - 5ème année EPU de Nice (5 mois)
Sujet: Développement d'interfaces autour d'une base de données dédiée à l'annotation fonctionnelle experte.

> Nicolas NOTTET # - Master 2 Sciences de la Vie, parcours BIM (Biologie Informatique Mathématiques), Université de Nice (6 mois)
Sujet: Analyse d'expression différentielle de gènes au cours du cycle de développement chez Meloidogyne incognita à partir de données RNAseq.

• 2012

> Lauriane MASSARDIER # - Master 1 Sciences de la Vie, parcours BIM (Biologie Informatique Mathématiques), Université de Nice (5 mois)
Sujet: Identification de régions dupliquées dans le génome de Meloidogyne incognita et analyse de l'expression différentielle entre copies de gènes.

Les visiteurs et invités

•  2015

> Boris HESPEELS
Doctorant- Université de Namur, Department of Biology (URBE) Laboratory of Evolutionary Genetics and Ecology (LEGE)
Projet collaboratif : Analyse du transcriptome du rotifère bdelloid Adineta vaga au cours de cycles de déshydratation et réhydratation

• 2013

> Sebastian EVES-VAN DEN AKKER
Doctorant- Université de Leeds / James Hutton Institute (UK)
Projet collaboratif : Assemblage et analyse des transcriptomes des nématodes parasites de plantes Nacobbus aberrans et Globodera rostochiensis.