ADN satellite - Décodage des répétitions génomiques

Résumé :

Ces dernières années, les progrès des technologies de séquençage à lecture longue ont permis d'étudier les régions répétitives les plus complexes du génome. Ces progrès permettent la création d'assemblages génomiques complets, qui constituent une excellente plate-forme pour l'étude de l'ensemble du génome répétitif. Les ADN satellites (satDNA) sont des séquences répétées en tandem qui constituent une partie importante de la plupart des génomes eucaryotes et restent l'un des éléments génomiques les moins bien compris. Malgré leur rôle crucial dans l'organisation et l'évolution du génome, on ignore encore beaucoup de choses sur leurs fonctions.

Dans ce séminaire, je présenterai nos travaux sur deux organismes modèles, les nématodes à galles (Meloidogyne spp.) et les scarabées de la farine (Tribolium castaneum). Ces travaux comprendront une analyse de leurs satellites, suivie d'une focalisation sur les régions centromériques et télomériques où nous avons découvert des caractéristiques uniques qui déterminent leur organisation, leur fonction et leur dynamique. Je présenterai également notre nouveau pipeline qui, pour la première fois, permet une analyse complète des éléments, des réseaux et des régions flanquantes de l'ADN sat, donnant ainsi un aperçu des mécanismes organisationnels qui déterminent la distribution de l'ADN sat dans les génomes.

Voici quelques-unes de ses publications récentes.

Sur le Tribolium

https://genome.cshlp.org/content/34/11/1878

Sur Meloidogyne

https://www.nature.com/articles/s41467-024-44914-y

https://academic.oup.com/mbe/article/38/5/1943/6064156

Sur le pipeline SatDNA qu'ils ont développé

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.08.09.607335v1