La matière noire microbienne et la métagénomique

Résumé :

Les bactéries et les archées sont les formes de vie les plus anciennes, les plus abondantes et surtout les plus diversifiées. Elles dominent de nombreuses fonctions de la biosphère et recèlent un énorme potentiel d'applications biotechnologiques durables. La tâche consistant à caractériser pleinement la diversité microbienne est d'une ampleur incompréhensible. Les « inconnues connues » sont devenues de plus en plus évidentes ces dernières années, tandis que le nombre d'« inconnues inconnues » est encore fortement débattu : certaines études suggèrent des millions, d'autres des milliards ou même des trillions d'espèces procaryotes sur Terre. Pour la majorité d'entre elles, seuls les gènes marqueurs phylogénétiques sont connus et il n'existe pas de représentants cultivés. À ce stade, on peut donc affirmer que plus de 99 % de toutes les espèces microbiennes présentes dans l'environnement ne sont pas caractérisées. C'est pourquoi on les appelle la « matière noire microbienne » (MDM). À l'IBG-5, nous visons à élucider la MDM en utilisant des approches omiques indépendantes de la culture, en particulier des approches omiques à cellule unique, ainsi que des approches midi-métagénomiques. Nous avons mis en place l'un des trois pipelines à haut débit au monde, ce qui nous permet de cibler des micro-organismes spécifiques et d'étudier les exigences minimales en matière de génome et les interactions syntrophiques, ainsi que de sonder le transfert horizontal de gènes et le potentiel métabolique.

Veuillez trouver le lien de zoom ci-dessous :

https://inrae-fr.zoom.us/j/5785660130?omn=94458590196