JAUBERT Stéphanie

Parcours Scientifique et Diplômes universitaires

• 2023-present : Directrice de Recherche & co-directrice de l’équipe IPN
• 2020 : Habilitation à diriger les recherches Université Nice Sophia Antipolis (UNSA)
• 2011-2020 : Chargé de Recherche au sein de l’équipe Interactions Plantes-Nématodes de l’UMR INRA-UNS-CNRS
• 2006-2011 : INRAE Chargée de recherche UMR BiO3P (INRAE de Rennes, France). Mécanismes épigénétique du polyphénisme de reproduction fu puceron du pois Acyrthosiphon pisum.
• 2004 : séjoure post-doctoral réalisé à l’Imperial College (Londres), équipe de Fotis Kafatos
• 2003 : Doctorat de Biologie, (UNSA) 

Thématique de recherche : mécanismes épigénétiques et petits ARNnc lors de l’interaction plantes-nématodes à galles.

Les nématodes à galles ont élaboré des mécanismes de parasitisme originaux et complexes. Au cours de l’interaction compatible, les nématodes à galles pénètrent au niveau des apex racinaires et migrent de façon inter-cellulaire jusqu’au cylindre central. A ce niveau, les nématodes injectent des molécules effectrices dans cinq à sept cellules du parenchyme vasculaire. Ces molécules vont induire la reprogrammation de l’expression génique des cellules ciblées et leur dé-différenciation en cellules nourricières hypertrophiées, polynucléées et hypermétaboliques appelées « cellules géantes ». Ces cellules nourricières résultent d’un processus de redifférenciation cellulaire où des mitoses successives se produisent, sans division cellulaire. Les cellules géantes matures atteignent une taille finale de plus de 400 fois la taille des cellules initiales et contiennent jusqu’à une centaine de noyaux. C’est grâce à ces structures que le nématode se nourrit et qu’il peut réaliser son cycle de développement. La formation des cellules géantes s'accompagne de l'hyperplasie des cellules vasculaires avoisinantes conduisant à la formation d'une galle entourant les cellules géantes et le nématode. Cette réaction secondaire constitue le symptôme le plus caractéristique de l'attaque des nématodes à galles. Le déterminisme génétique de l’induction et du maintien des cellules géantes n’est pas élucidé.

Notre groupe est intéressé à comprendre le dialogue entre les nématodes à galles (principalement M. incognita et M. enterolobii) et leurs plantes hôtes en utilisant Arabidopsis, les Solanacées (tomates, tabac) et Medicago truncatula comme plantes modèles. Nous étudions les deux partenaires de l’interaction afin d’obtenir une vue plus complète des fonctions et les processus clés de la cellule végétale manipulés par ces pathogènes.

Projets en cours.

Mes projets de recherche sont focalisés sur le rôle des petits ARN non codants et des régulations épigénétiques lors de la mise en place des cellules nourricières et plus généralement lors de l’infection.

Nous développons actuellement plusieurs projets :

1/ Le rôle de l’ARN interférent inter-règne lors de l’interaction plantes-nématodes. (Collaborations avec Arne Weiberg Université de Hambourg Allemagne ; Lionel Navarro IBENS Paris).

2/ L’étude du rôle de l’homéostasie des métaux dans la plante lors de l’infection (Collaborations avec Guilhem Reyt LIPME Toulouse ; Sébastien Thomine I2BC Gif sur Yvette, Hendrik Kupper & Filis Morina Université de Bohème du Sud, Ceszke Budejovice République tchèque). ANR CROWN (2024-2027)

3/ L’étude d’un facteur de transcription pionnier et des petits ARNs non codants impliqués dans la symbiose bactérienne et l’infection par Meloidogyne (Collaboration avec Andreas Niebel & Matthias Benoît LIPME Toulouse). ANR MELONOD (2024-2027)

Principaux Financements

• Projet ANR CROWN 2024-2027 (coordination)
• Projet ANR MELONOD 2024-2027 (coordination d’un WP)
• Synchrotron DESY Project 2025 (coordination)
•  Programme de collaboration bilatérale Franco-Japonaise PHC SAKURA 2019 (coordination Y. Kadota Riken, Yokohama, Japon et S Jaubert-, France) « Molecular analyses of recognition mechanisms during plant and plant-parasitic nematode interaction»
• Programme de collaboration bilatérale Franco-Chinoise PHC XU GUANGQI 2020 #45478PF (co-coordination)
• Programme de collaboration bilatérale Franco-Japonaise PHC SAKURA 2016 #35891VD “Study of the molecular dialogue between plant-parasitic root-knot nematodes and their host plant”
• ANR AAPG 2020 SYMPA-PEP «SYMbiotic & PAthogenic PEPtides at the interface between plants and microorganisms»
• ANR AAPG 2021 MASH “Modulation of mRNA alternative splicing by root-knot nematode” 2022-2025

Activités diverses

- Membre du comité de Management du programme européen COST « exRNA PATH » (2021-2025) ; Membre élu du Conseil Scientifique du Département SPE (de 2018 -présent) ; Membre nommé de la CSS BIHASC (2024-2028) ; Membre du Conseil de l’UMR ISA.

Publications

41 publications : 33 articles de recherche, 4 articles de revues, 3 articles de vulgarisation et 1 ouvrage de vulgarisation des techniques de biologie moléculaire (éditrice).

Dans les 5 dernières années …

1. Soulé S, Huang K, Mulet K, Mejias J, Bazin J, Truong NM, Kika JL, Jaubert S, Abad P, Zhao J, Favery B, Quentin M. The root-knot nematode effector MiEFF12 targets the host ER quality control system to suppress immune responses and allow parasitism. Mol Plant Pathol. 2024 Jul;25(7):e13491. doi: 10.1111/mpp.13491.PMID: 38961768 
2. Noureddine Y, da Rocha M, An J, Medina, C, Mejias J, Mulet K, Quentin M, Abad P, Zouine M, Favery B, Jaubert-Possamai S. miR167-ARF8, an auxin-responsive module involved in the formation of root-knot nematode-induced galls in tomato. J. Exp. Bot., 2023  74(18):5752-5766.   doi: 10.1101/2022.07.29.501986
3. Noureddine Y, Mejias J, da Rocha M, Thomine S, Quentin M, Abad P, Favery B, Jaubert-Possamai S. Copper microRNAs modulate the formation of giant feeding cells induced by the root knot nematode Meloidogyne incognita in Arabidopsis thaliana. New Phytol., 2022 236(1):283-295. doi: 10.1111/nph.18362.
4. Mejias J, Chen Y, Bazin J, Truong NM, Mulet K, Noureddine Y, Jaubert-Possamai S, Ranty-Roby S, Soulé S, Abad P, Crespi MD, Favery B, Quentin M. Silencing the conserved small nuclear ribonucleoprotein SmD1 target gene alters susceptibility to root-knot nematodes in plants. Plant Physiol. 2022 189(3):1741-1756. doi: 10.1093/plphys/kiac155.
5. Mejias, J., Chen, Y.P., Bazin, J., Truong, N-M., Mulet, K., Y. Noureddine, Jaubert-Posamai, S., Ranty-Roby, S., Soulé S, Abad, P., Crespi, M., Favery, B.* and Quentin, M.* (2022) Silencing the conserved small nuclear ribonucleoprotein SmD1 target gene alters susceptibility to root-knot nematodes in plants. Published in BioRxiv https://doi.org/10.1101/2020.11.25.398149 and Plant Physiology in press. https://doi.org/ 10.1093/plphys/kiac155/6564232 
6. Mejias, J., Bazin, J., Truong, N-M., Marteu, N., Sawa, S., Crespi, M.D., Vaucheret, H., Abad, P., Favery, B.* and Quentin, M.* (2021) The Root-Knot Nematode Effector MiEFF18 Interacts with the Plant Core Spliceosomal Protein SmD1 Required for Giant Cell Formation. New Phytologist, https://doi.org/10.1111/nph.17089, 229, 3408-3423.
7. Truong, N-M., Chen, Y.P., Mejias, J., Soulé, S., Mulet, K., Jaouannet, M., Jaubert-Possamai, S., Sawa, S., Abad, P., Favery, B.* and Quentin, M.* (2021) The Meloidogyne incognita nuclear effector MiEFF1 interacts with Arabidopsis cytosolic glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenases to promote parasitism. Frontiers in Plant Science, 12:641480. https://doi.org/10.3389/fpls.2021.641480